De film begint met Fuyuki Hinata en het Keroro-peloton die een verlaten tempel in de bergtopstad Machu Picchu in Peru verkennen. Tijdens de verkenning zet Keroro per ongeluk een val in werking, en bij toeval vinden ze een verborgen kamer met een groot blauw kristal in het midden, op een standaard met een sleutel erin. Keroro leunt op de sleutel, waardoor de kamer een mysterieuze machine activeert, waardoor de hele tempel trilt. Zodra de groep beseft wat er aan de hand is, rennen ze de kamer uit. Tijdens het rennen verliest Keroro per ongeluk zijn Kero Ball terwijl Fuyuki een vluchtige glimp opvangt van een stralende jonge vrouw terwijl hij naar buiten rent, en vertelt Keroro dat er een meisje in de kamer was, maar hij wordt gedwongen de kamer te verlaten voordat hij kan zeggen nog iets anders. De groep ontsnapt met succes, terwijl het meisje (nu met een paar gloeiende vleugels) hen ziet vertrekken - terwijl ze terug in de kamer zijn, groeit er iets in het kristal...
In het nieuwe kalenderjaar 392, in Neo-Tokio, steelt een jonge man, Agino Jiro, een tijdsynchronisatiesysteem en probeert te ontsnappen naar het verleden. De autoriteiten zetten de achtervolging in en beschadigen zijn schip tijdens de achtervolging, waardoor hij gedwongen wordt te landen in het moderne Tokio. Vastbesloten breekt hij in een busje en bevestigt het apparaat, waarbij hij roekeloos Nobucho, Shinichi, Teko en hun leraar Hokubei ontvoert. Hun aanvankelijke verzetsmacht landt hen op 9 maart 1945 in Tokio, tijdens de Amerikaanse bombardementencampagne. Opnieuw ontsnappend naar het verleden komt de groep uiteindelijk terecht in de periode van de Strijdende Staten. Daar botsen de toekomst en het verleden terwijl facties uit Jiro's tijdperk hun verleden proberen te veranderen op een cruciaal moment in Honnoji.
De stuntelige elektricien Bartolo wordt naar het huis van een wetenschapper geroepen om een eenvoudig elektrisch probleem op te lossen en bevindt zich aan boord van een raket die op weg is naar de maan!
De eminente plastisch chirurg en gestoorde wetenschapper Don Brandon verliest hij zijn vrouw Anitra, pin-up model en sociale vlinder, bij een tragisch ongeluk. Hij en zijn trouwe gebochelde en kwijlende assistent Greg zijn druk bezig met experimenteren met reanimatie-experimenten. Eenmaal gereed begint de goede doktor één voor één jonge vrouwen naar zijn lab te lokken, om zo ledematen bij elkaar te krijgen voor een nieuwe en verbeterde Anitra.
Laura Kove is een agorafobische jonge vrouw wiens wereld op zijn kop staat wanneer ze ontdekt dat het spookt in het appartement waarin ze zichzelf heeft opgesloten. Ze wendt zich tot het internet voor hulp en roept de hulp in van Elizabeth Dean, een oplichter die zich voordoet als een spokenjager. In eerste instantie gelooft Elizabeth Laura's verhaal niet, maar ze wordt al snel een echte gelovige.