Nu Kai verslagen is, hervatten Ryotaro en de rest van de DenLiner-crew hun tijdreisavonturen door een detectivebureau op te richten om alle andere overlevende Imagin onder controle te houden. Maar wanneer een bedrieglijke Imagin de reserve Den-O Pass van de eigenaar steelt, is het aan de DenLiner-politie en de beginnende detective Kazuya, samen met een beetje hulp van een andere Rider, om de kwaadaardige Imagin te stoppen en het verleden, het heden en de toekomst te redden!
Ninja Resurrection speelt zich af in het Tokugawa-tijdperk, in een tijd waarin christenen in Japan werden vervolgd. De leider van de Shimabara-opstand, Amakusa Shirō, hoopte weerstand te bieden aan de regeringstroepen die christenen zoals hij aanvallen, maar wordt vermoord. Kort daarna keert Amakusa's rusteloze geest terug om zijn gevallen kameraden te wreken en is het aan Yagyū Jūbei Mitsuyoshi om een einde te maken aan de demonische aanval.