Als Koenig terugkeert van een onderzoeksmissie, lijkt hij gek geworden. Hij gedraagt zich irrationeel en laat zijn adelaar een noodlanding maken op de maan, vlakbij de stortplaats voor kernafval. dr. Russell sluit hem aan op een hersenpulsmachine om hem weer normaal te laten leven. Tegelijkertijd komt er een Superswift uit de aarde en landt op de basis. Er zijn familieleden van Alphan aan boord. Als de commandant weer wakker wordt, hoort hij het nieuws. Hij ziet de nieuwkomers echter niet als mensen, maar als afschuwelijke aliens...
Takamachi Nanoha is een normale derde-jaars student die zich nutteloos en out-of-plaats voelt en enkel doel voor ogen heeft. Dan op een dag, redt ze een fret, welke een magisch dier blijkt te zijn van een andere planeet, die naar deze planeet kwam om te zoeken naar juweel zaden. Nanoha stemt in om te helpen, maar deze taak wordt ingewikkeld wanneer een ander meisje arriveert en de juweel zaden steelt.
Het Galman Rijk werd vernietigd, maar de planeet Galmania nog niet, door een toevallige botsing van sterrenstelsels. De Bolar Federatie werelden waaronder Planet Bolar worden hierdoor vernietigd. De Yamato, terug onder het commando van Captain Okita, ontmoet de planeet Denguil te laat om zijn humanoïde beschaving te redden van overspoeling door de water planeet Waterman. De overlevende Denguili, een krijger ras die geloven dat alleen de sterken moeten overleven, zijn van plan om Aquarius te gebruiken om de Aarde te overspoelen en de mensheid te vernietigen, om zo een nieuwe thuis te creëren voor hun ras.
Een vermoedelijke opstand van gevangenen brengt mariniers naar de gevangenisplaneet Rove 12, maar niets is wat het lijkt. De weinige overlevende gevangenen verstoppen zich voor een meedogenloos, bloeddorstig wezen. Nu moeten de gevangenen en de mariniers samen vechten om LEVEND van de planeet te komen!
Meer dan honderd jaar geleden stortte een cataclysmische reeks gebeurtenissen de aarde in de donkere middeleeuwen die het grootste deel van de beschaving verwoestten, en de overgebleven weinige overlevenden proberen de loop van de gebeurtenissen die tot de vernietiging hebben geleid, te veranderen.
Sabu werkt in een pornowinkel en we zien hem terwijl hij het einde nadert van zijn zoektocht om met 2000 mannen naar bed te gaan (wat wordt vergemakkelijkt door het feit dat hij in een pornowinkel werkt). Voor zijn laatste verovering verlangt hij naar een speciaal iemand en heeft hij het excentrieke personage Happy gekozen als zijn 2000ste minnaar. Gedurende dit alles verkeert de stad in een dreigend onheil terwijl een vloed van bijbelse proporties nadert.