Vs draait om vier superhelden (Charge, Cutthroat, Shadow en The Wall) die wakker worden in een schijnbaar verlaten stad, ontdaan van hun superkrachten. Ze zijn ontvoerd door ene Rickshaw. Ze krijgen een reeks psychologische uitdagingen voorgeschoteld waarbij zowel hun eigen levens als die van onschuldige burgers op het spel komen te staan.
46 uur vóór de gebeurtenissen van 'EVANGELION:3.0 KUN JE (NIET) OPNIEUW DOEN.' Midori herinnert zich haar leven na Near Third Impact en hoe ze wordt gered door WILLE.
Universal Century 0087, Char Aznable is nu de leider van de AEUG geworden. Scirocco, de man uit Jupiter, wil de controle over de Titanen overnemen. Haman, de leider van de Asmogendheden, probeert de familie Zabi te herstellen. Door middel van politiek en strategie strijden deze drie machten om heerschappij over de aardbol. De oorlog bouwt zich op tot een dodelijk eindspel rond de ruimtekolonie Gryps 2, die is omgebouwd tot een gigantisch laserkanon. Welk lot wacht Kamille aan het einde van het conflict? Dit is het laatste deel van de Mobile Suit Zeta Gundam-trilogie, met verbeterde animaties en themaliedjes van GACKT.
Zoals de titel aangeeft, onderzoekt het het mysterie dat de Arcadia bevat, dat niets anders is dan de verbinding tussen de scheepscomputer en zijn schepper, Tochiro. Dit verhaal is gebaseerd op hoofdstuk 13 van de eerste serie.