In het nieuwe kalenderjaar 392, in Neo-Tokio, steelt een jonge man, Agino Jiro, een tijdsynchronisatiesysteem en probeert te ontsnappen naar het verleden. De autoriteiten zetten de achtervolging in en beschadigen zijn schip tijdens de achtervolging, waardoor hij gedwongen wordt te landen in het moderne Tokio. Vastbesloten breekt hij in een busje en bevestigt het apparaat, waarbij hij roekeloos Nobucho, Shinichi, Teko en hun leraar Hokubei ontvoert. Hun aanvankelijke verzetsmacht landt hen op 9 maart 1945 in Tokio, tijdens de Amerikaanse bombardementencampagne. Opnieuw ontsnappend naar het verleden komt de groep uiteindelijk terecht in de periode van de Strijdende Staten. Daar botsen de toekomst en het verleden terwijl facties uit Jiro's tijdperk hun verleden proberen te veranderen op een cruciaal moment in Honnoji.
In het mystieke rijk Ryntia bundelen de krachten van de onderwereld hun krachten om een plaag van het kwaad op de oppervlakte los te laten. De dodelijke vleermuisachtige Blood Reavers, de Saurian Maurauders, de Orcish Warstokers en de katachtige Shadow-cat-huurlingen hebben hun respectievelijke clans toegezegd in dienst van Bre'Gwen, de koningin van de diepe elfen. Samen proberen ze de mensen- en Elven-koninkrijken te vernietigen en heel Ryntia te regeren in naam van het kwaad.
Een vrouwelijke wetenschapper voert experimenten uit op drie studentes. Die experimenten zorgen ervoor dat de meisjes veranderen in bloeddorstige mutanten.
Derde en bekendste inzending in de Mark IV-serie fundamentalistische apocalypsfilms. De fundamentalistische christelijke guerrilla David helpt veroordeelde dissidenten te ontsnappen, probeert het geautomatiseerde Merkteken van het Beest te ondermijnen en probeert in het algemeen te overleven terwijl de profetie zich ontvouwt in de opkomst van de Antichrist tot het hoogtepunt van zijn macht en het begin van Gods oorlog tegen de zondige mens.
In de roze nostalgie van het midden van de jaren negentig neemt het logeerpartijtje van beste vrienden Addie en Ella een onverwachte wending. De verleidelijke alien Aurelius maakt een noodlanding in Addie's achtertuin en wordt het nietsvermoedende voorwerp van de verliefdheid van beide meisjes. Op de muziek van David Bowie is de film een verkenning van jonge vrouwelijke vriendschap en mannelijke validatie.
De Dezalg zijn terug met een nieuw wapen en staan op het punt dit te testen op de verdediging van Megazone 23. In de overtuiging dat de oplossing hiervoor ook nieuwe wapens zouden zijn, besloot B.D. opnieuw op het laatste verdedigingsniveau van EVE. Omdat volledige controle over Megazone 23 een ongehinderde wapen ontwikkeling zou betekenen. Shogo, die nu is teruggekeerd naar zijn normale leven, wordt opnieuw door EVE opgeroepen om te helpen. Het naderende eindgevecht tussen alle betrokken partijen leidt tot de ontdekking van Eve's laatste geheim, A.D.A.M., wat voor iedereen catastrofale gevolgen kan hebben.