Net als de Japanse speciale edities van andere Gundam- en Sunrise-animeseries, is dit het laatste van drie delen, waarin de tweede helft van het tweede seizoen van Gundam 00 wordt samengevat in lange video's. Ze bevatten allemaal een aantal nieuwe geanimeerde sequenties en een aantal gedeeltelijk opnieuw opgenomen dialogen.
Kapitein Future en zijn vrienden strijden in een galactische race en verdedigen zichzelf uiteindelijk tegen agressieve concurrenten en kwaadaardige schurken die eropuit zijn hen te vernietigen.
Toshiaki Nagashima is een bioloog die groot onderzoek doet naar mitochondriën. Wanneer zijn mooie jonge vrouw op tragische wijze betrokken raakt bij een auto-ongeluk waarbij haar hersendood achterblijft, steelt hij in wanhoop haar lever uit haar lichaam om de mitochondriën eruit te halen om zijn vrouw uit de dood te laten herrijzen. De dodelijke mitochondriën nemen de vorm aan van zijn assistent.
Sinds de jaren 40 zijn er buitenaardse wezens bekend als "Grijzen" waargenomen over de hele wereld. Men dacht dat ze onze planeet bezochten om de mens en zijn beschaving te bestuderen voordat ze uiteindelijk zouden binnenvallen. Maar wat als we het verkeerd voor hebben? Wat als ze hier alleen zijn om ons te beschermen? Nadat een meteoriet op de aarde is neergestort en een buitenaards schepsel dat erin zat is ontwaakt, wordt een jonge vrouw door één van de “Grijzen” ontvoerd.