De film vertelt het verhaal van Harvey Milk (Sean Penn). Harvey Milk was het eerste homoseksuele gemeenteraadslid van San Francisco en was één van de allereerste activisten voor gelijke rechten. Milk leert in deze periode onder andere de activisten Cleve Jones (Emile Hirsch) en Scott Smith (James Franco) kennen waarmee hij verschillende mooie, maar ook dramatische momenten beleeft.
De film vertelt over het lot van een kleine jongen Pylypko. In de hongerige winter van 1932-1933 stierf zijn moeder. De jongen wordt meegenomen door zijn oom, maar Pylypko rent weg van zijn huis op zoek naar zijn moeder. Hij verdwaalde in het bos en bevroor bijna. Het kind wordt door twee monniken van de dood gered en naar een klooster gebracht. Daar leerde hij iconen schilderen en bleek een zeer bekwaam kunstenaar te zijn. Later kwam er een Fransman naar het klooster. Zijn jonge dochter is erg ziek en de jongen wenst oprecht haar herstel. Philip komt erachter dat hiervoor tot St. Panteleimon moet worden gebeden en besluit zijn icoon te tekenen en het meisje te helpen.
Duitsland, zomer 1936. Toni en Andi zijn jeugdvrienden die een passie voor bergbeklimmen delen. Ze zijn geobsedeerd door het trotseren van de beruchte Noordwand (in de volksmond 'Moordwand') van de berg Eiger. Ze gaan over tot beklimming onder grote media-aandacht, onder meer van Toni's jeugdliefde Luise die nu journaliste voor de Nazi-partij is. Onderweg komen de heren ook nog twee Oostenrijkers tegen met wie ze optrekken, maar dan draait het weer volledig om.
Berlijn, 1945. Een jonge vrouw probeert te overleven na de Sovjet invasie aan het einde van de Tweede Wereldoorlog. Bombardementen, honger en verkrachtingen zijn aan de orde van de dag. Ze zoekt bescherming bij een Russische officier. Maar in een omgeving van geweld en wantrouwen zijn goed en kwaad niet meer van elkaar te onderscheiden. Anonyma vertelt een lang verzwegen hoofdstuk uit de Duitse geschiedenis dat niemand onberoerd laat. Gebaseerd op een ooggetuigenverslag van een altijd anoniem gebleven vrouw.