Een drijvende ruimte zonder zwaartekracht, waar een oneindig aantal lampen schijnen in verschillende kleuren: De Doos van de Wijsheid. Binnen dit kader zijn er meerdere werelden, meerdere tijdlijnen en daar waren vele verschillende mensen. Dit is waar Dual en Dorothy vechten met vijanden genaamd Virussen. Werelden geïnfecteerd door virussen moeten worden gewist. Dat is de taak, de taak van deze meisjes. Echter, op een dag, voelen Dual en Dorothy de aanwezigheid van een nieuw virus. Aangekomen op de locatie van het virus, zien ze een meisje dat wordt aangevallen door virussen. Na het redden van het meisje, wacht het duo tot ze ontwaakt, en kunnen ze vragen wie ze is, waar ze vandaan komt en waar ze heen gaat. Wanneer het meisje wakker wordt, zegt ze dat ze haar naam Rimo is en fluistert slechts één zin: "Ik moet terug naar de bloem patch."
Kōmei bedenkt een plan waarbij Zoro en Sanji deelnemen aan een eetwedstrijd, en de twee eten een vreemde 'nietswaardige' paddenstoel die hen in nietswaardige mannen verandert. De twee worden vervolgens opgesloten in een gevangeniscel. Wanneer de rest van de Straw Hat Pirates hun gevangengenomen bemanning achtervolgen, landen ze op het eiland Nebulandia, waar een mysterieuze mist gemaakt van zeewater aanwezig is, die dezelfde effecten heeft als zeesteen. De aankomst van de Straw Hat Pirates op Nebulandia maakt ook deel uit van Kōmei's plan.
Haruka heeft een heel bijzondere band met water en zwemmen. De estafettewedstrijd op de basisschool is zijn laatste race voordat hij met Makoto naar de middelbare school gaat en aan een nieuw hoofdstuk in zijn leven begint. Uiteraard sluiten ze beiden meteen weer aan bij het zwemteam en vormen ze samen met Asahi Shiina en Ikuya Kirishima een team voor estafettewedstrijden. Al snel wordt duidelijk dat elk van de vier heel verschillende motivaties en doelen heeft, wat vaak tot problemen leidt tijdens de training.
Sabo bezoekt een graf waar hij terugdenkt aan zijn jeugd met zijn broers Luffy en Ace. Na een flashback uit zijn verleden reist Sabo naar het koninkrijk Dressrosa en ontmoet hij een medelid van het Revolutionaire Leger om hun volgende missie te bespreken. Zonder dat Sabo het weet, zijn Luffy en zijn bemanning ook op het eiland op zoek naar een kunstmatige Devil Fruit-fabriek.
Na de dood van zijn moeder leeft de jonge Ren op straat. Opgejaagd door de politie vlucht hij een steegje in en komt terecht in de dierenwereld. Daar wordt hij de succesvolle leerling van de krijger Kumatetsu. Als hij de weg naar Tokio terugvindt, gaat hij zijn vader zoeken.
Na de gebeurtenissen in Dragon Ball Z: Battle of Gods heerst er vrede op aarde. Hier komt verandering in, wanneer twee van Frieza's overlevende manschappen, Sorbet en Tagoma, op aarde landen.
Het jaar 2116 - de Japanse overheid begint de Sibyl System onbemande drone robots te exporteren naar onrustige landen, en het systeem verspreidt zich over de hele wereld. Een land in het midden van een burgeroorlog, SEAUn (de Zuid-Oost-Azië-Unie), voert het Sibyl Systeem in als een experiment. Onder het nieuwe systeem, realiseert de kustplaats Shambala Float een tijdelijke vrede en veiligheid. Maar dan stuurt SEAUn terroristen naar Japan. Ze glijpen door het Sibyl Systeem en vervolgens voeren ze aanvallen uit van binnenuit. De schaduw van een bepaalde man valt over dit incident. Tsunemori die de leiding heeft over de politie, reist naar Shambala Float om onderzoek uit te voeren.
Bayonetta is een oude heks die ontwaakt uit een slaap van vijfhonderd jaar zonder herinnering aan haar leven. Gewapend met een pistool in elke ledemaat begint ze aan een reis om haar verleden te herontdekken en alle bloeddorstige engelen te verslaan die haar in de weg staan.
Hana is een 19-jarige studente. Ze wordt verliefd op een weerwolf en krijgt met hem twee kinderen, Ame en Yuki. Met z'n vieren leven ze rustig ergens in een uithoek van de stad, maar als de vader plots komt te overlijden, besluit ze te vertrekken naar het platteland.
Het land Orlais is in donkere tijden beland. Cassanda, een jonge heldin, moet zich staande houden in deze wereld waar tempeliers, magiërs en draken een oorlog voeren. Cassandra moet een samenzwering voorkomen die het voortbestaan van de meest belangrijkste religieuze organisatie in het land bedreigd. Ze wordt beschuldigd van landverraad en het redden van Orlais is de enige manier om haar eer terug te verdienen en haar verleden achter zich te laten.
De prachtige Fana is een dochter uit de Del Moral familie en is verloofd met Prins Carlo, de kroonprins van het land Levamme. Doordat Levamme in oorlog is met Amatsuvian moet de bruiloft worden uitgesteld. Als het huis van de Del Morals wordt vernietigd besluit het leger de toekomstige prinses over te brengen naar Levamme. Aan Charles Karino, een ingehuurde piloot uit het leger van Levamme, de taak om met een geheime missie Fana over te vliegen over een afstand van 12000 kilometer door vijandelijk gebied.
We zitten in het jaar 2314, 2 jaar nadat de A-LAWs zijn verslagen. De New Earth Federation heeft vrede proberen te realiseren via de afschaffing van wapens op de planeet. Een lang vergeten ruimteschip dat naar Jupiter was gestuurd 130 jaar geleden komt terug zonder een schijnbaar teken van leven. Maar ondertussen zit er een nieuwe buitenaardse bedreiging aan boord; de Extraterrestrial Living-metal Shapeshifters (ELS). De Celestial Being komt terug om de aarde en de mensheid tegen deze nieuwe dreiging te beschermen.
Het dodelijke Medusavirus, dat zijn slachtoffers versteent, overspoelt de hele wereld. De autoriteiten slagen er niet in om een remedie te vinden en besluiten een aantal mensen in vriesslaap te brengen in afwachting van een geneesmiddel. De jonge Kasumi is een van de 160 uitverkorenen. Ze wordt naar het Cold Sleep Capsule Center gebracht, een reusachtige crypte binnenin een oud kasteel. Kasumi hoopt dat ze bij het ontwaken haar tweelingzus Shizuku zal kunnen terugzien, ook al werd deze aangetast door het Medusa virus. Wanneer Kasumi en de anderen wakker worden, merken ze dat hun omgeving drastisch is veranderd.