Tijdens het bijwonen van een bijeenkomst als hoofdinspecteur van het Public Security Bureau ontving Akane Tsunemori een rapport dat er een incident had plaatsgevonden op een buitenlands schip, en dit was het begin van een grote en onverwachte zaak.
Studenten van de Hosho Academy High School zaten aan boord van een vliegtuig toen het onder mysterieuze omstandigheden landde. De heldin, Oribe Mutsumi en haar klasgenoten spoelen aan land op een eiland. De overlevende passagiers besluiten te wachten op hulp, maar het eiland blijkt bewoond te zijn door gigantische insecten. Mutsumi wordt wakker op een strand en vindt haar klasgenoot Matsuo Ayumi en samen gaan ze op zoek naar voedsel. In de overtuiging dat er binnen drie dagen hulp zal komen, besluiten ze tot die tijd te volharden.
Dit nieuwe project werd uitgevoerd om 10 jaar Code Geass-saga te vieren. Het verhaal volgt de plot van de samenvattingsfilms en negeert daarom bepaalde aspecten van de serie die daar niet zijn getranscribeerd. Het verhaal begint een paar maanden na de dood van Lelouch, in een wereld die eindelijk vrede heeft. In ieder geval qua uiterlijk. Tijdens een diplomatiek bezoek aan Zilkistan, een woestijnkoninkrijk, worden Zero en Nunnally plotseling aangevallen en ontvoerd.
Ryo Saeba werkt in de straten van Tokio als City Hunter. Hij is een 'veger' en houdt samen met zijn sidekick Kaori Makimura de stad schoon. Mensen huren de City Hunter in om hun gevaarlijke problemen op te lossen, wat hij doet met een Colt Python. Als Ryo niet aan een zaak werkt, werkt hij aan het pakken van de dames, en Kaori moet hem onder controle houden met haar vertrouwde hamer van 10 kg.
Er vindt een grootschalige catastrofe plaats over de hele planeet. Ability-gebruikers worden ontdekt na het verschijnen van een mysterieuze mist, die blijkbaar zelfmoord hebben gepleegd, dus de Armed Detective Agency gaat op pad om deze mysterieuze sterfgevallen te onderzoeken. Bij de zaak lijkt een onbekende vaardigheidsgebruiker betrokken te zijn, genaamd 'Collector', een man die het brein achter het incident zou kunnen zijn. Vertrouwen en moed worden op de proef gesteld om de stad Yokohama en vaardigheidsgebruikers over de hele wereld te redden uit de greep van Collector, waar de Armed Detective Agency een onwaarschijnlijk partnerschap vormt met de gevaarlijke Port Mafia.
Het jongetje Giovanni en zijn beste vriend Campanella besluiten om samen een reis door de Melkweg te maken doormiddel van een intergalactische spoorweg. Deze volgen zij vervolgens in de gedaante van twee katten.