Het verhaal vertelt het verleden van Gai Kurenai en Jugglus Juggler, de hoofdpersoon en antagonist van de originele serie, die ooit helden waren die vochten aan de kant van het licht, tegenover Dr. Psychi en zijn leger van Bezelbs.
Het is het jaar 2205, waarin alternatieve historici het verleden aanvallen om de geschiedenis te veranderen. De wijze Saniwa heeft de missie om de geschiedenis te beschermen, en hiervoor heeft hij de sterkste soorten Tsukumogami (levenloze objecten bewoond door geesten) samengebracht, genaamd Touken Danshi (Zwaardvechters).
Drie hardcore ploegen goudzoekers wagen de gok van hun leven en strijden om groots te worden, diep in het wilde westen van de outback van Australië. De stijgende hoogtepunten en de verpletterende dieptepunten van het goudseizoen worden onthuld terwijl de bemanningen hun allerbelangrijkste doelen nastreven: het trotseren van brute hitte, zware omstandigheden, mechanische defecten en constante druk.
Ook al is hoofdpersoon Sui Gin arm, hij is een van de beste online spelers. Zijn identiteit is echter bij iedereen onbekend behalve RikuLei, zijn klasgenoot. Het meisje geeft hem een mysterieus mobiel apparaat en voordat ze uitlegt wat het is, wordt ze ontvoerd en raakt Gin onbewust betrokken bij een reeks problematische omstandigheden. Hij probeert een manier te vinden om haar te redden, activeert per ongeluk zijn mobiele apparaat en wordt ondergedompeld in de virtuele wereld van een videogame. Waar zal deze reis naar deze nieuwe wereld Gin naartoe brengen? Wat ga je ontdekken? Wat is de relatie tussen hem, de ontvoering van RikuLei en dit mysterieuze spel?
In een wereld waar ieders plaats in de samenleving vanaf de kindertijd wordt bepaald, kunnen alleen de besten geluk bereiken. Tijdens het beslissende examen staan degenen die voor studeren kozen (klas L / Leren) en degenen die kozen voor spieken (klas C / Cheating) tegenover elkaar. Mumei Shokatsu (klasse C) en Koi Oh (klasse L) ontmoeten elkaar op de dag van de tests en zullen moeten besluiten de confrontatie met elkaar aan te gaan... of zich te verenigen.
Shin CT vindt plaats tijdens de U-16 word cup in Frankrijk. Na enkele vriendschappelijke wedstrijden in Duitsland verslaat Japan de ene tegenstander na de andere en bereikt uiteindelijk de laatste ronde tegen Duitsland. Na zware wedstrijden tegen Italiaanse en Franse topspelers lijkt de Duitse ploeg nóg oppermachtiger. De gigantische doelman Moeller, de allround aas Kalz en Europa's beste speler en aanvaller Schneider bieden het Japanse team een extreem zware wedstrijd, maar uiteindelijk wint Japan met 3:2.