Om te voorkomen dat het mysterieuze 'Penguin Empire' de wereldvrede verstoort, heeft de geheime organisatie 'Prince Beauty Parlor' een gigantische robot ontwikkeld die wordt aangedreven door een zeldzame speciale energiebron genaamd 'Hi-ERo-deeltjes'. Organisatielid Kyōko Sonan heeft een gewone middelbare scholier, Kōichi Madanbashi, gelokaliseerd met grote hoeveelheden Hi-ERo-deeltjes, waardoor hij een geschikte kandidaat is om de gigantische robot te besturen. Maar er is maar één manier om zijn deeltjes vrij te laten: laat Madanbashi hem overtuigen met onzedelijk gedrag.
Sinds 15 jaar geleden worden er geen nieuwe levens meer geboren... en kan niemand meer sterven. Toen verschenen er 'grafbewaarders' in de wereld, met het vermogen om de levende doden rust te geven. Daarom zeiden de mensen: 'God heeft de wereld verlaten'. Ai, 12 jaar oud, een van de 'grafbewaarders'. Haar leven verandert wanneer een onsterfelijke schutter genaamd Hampnie Hambart de inwoners van haar kleine dorp vermoordt. Ze leert van hem de 'waarheid van de wereld' en besluit te reizen om de wereld te redden.
Rookie-politieagent Daizaburo 'Eddie' Ban voegt zich bij het 34e district van New York, waar hij samenwerkt met John Estes, ook wel bekend als Sleepy voor zijn vrienden en Mad Bull voor alle anderen. Mad Bull lost misdaden meestal op met extreem geweld en zeer onpolitieagentachtig gedrag, waardoor hij altijd in de problemen komt met het 34e district en zijn partner Daizaburo. Ondanks de twijfelachtige methoden van Mad Bull om misdaad op te lossen, heeft hij altijd een goede reden voor wat hij deed en samen proberen hij en Daizaburo New York voor iedereen veiliger te maken.
Op Venus brengt Cobra kerstavond vredig door achter het stuur van zijn auto, terwijl voor hem een vrachtwagen die probeert te ontsnappen aan een bende ruimtepiraten een ongeluk krijgt. In deze truck zit Secret, het evenbeeld van Dominique, Cobra's overleden vriendin. Ze vertrouwt laatstgenoemde de sleutel van Shiba toe en vraagt hem deze naar de planeet Garon te brengen. Maar terwijl hij het piratenschip opblaast, raakt Cobra ernstig gewond door puin en wordt hij naar het ziekenhuis gebracht. Wanneer hij wakker wordt en de instructies volgt om de jonge vrouw te vinden, wordt hij geconfronteerd met Black Bone, een piraat die zich op de sleutel van Secret en Shiba richt.
Cobra heeft begrepen dat de piraten Secret dood willen hebben, hij besluit haar te beschermen...