Wanneer de president de opdracht geeft de meest dodelijke kernbom ooit ontworpen te ontmantelen, neemt een groep terroristen onder leiding van een androide het complex over waar deze bom ligt opgeslagen. Het is aan supervisor Laurie, haar 15-jarige zoon Ricky en onderhoudsman Frank om de meedogenloze terroristen te stoppen. De terroristen zijn van plan om de kernbom op Washington DC af te vuren en het enige wat ze nog nodig hebben is een speciale chip die in het bezit van Laurie is. Een kat-en-muisspel ontvouwt zich en de terroristen vermoorden alles en iedereen in het gebouw, maar het drietal weet vooralsnog te ontsnappen.. Maar naarmate de tijd vordert wordt het moeilijker en moeilijker voor de drie en ook de overheid is koortsig op zoek naar een oplossing... Een militaire luchtaanval op het complex! Nu is de race tegen de klok pas echt begonnen!
Een tienermeisje wordt ontvoerd door 3 mannen en naar een verlaten huis op het platteland gebracht, waar ze haar haar eigen losgeldbrief laat schrijven. Ze ontdekt al snel dat een van haar ontvoerders verliefd op haar is en ze zal die gevoelens gebruiken om in leven te blijven.
Nadat Billy Jack tot vier jaar gevangenisstraf is veroordeeld voor 'onvrijwillige doodslag'te zien in de eerste film, breidt de Freedom School zich uit en bloeit onder leiding van Jean Roberts. Het utopische bestaan van de school wordt gekenmerkt door alles wat varieert van 'yogasporten' tot journalistiek. De diverse studentenpopulatie zendt vernietigende politieke onthullingen uit op hun particuliere televisiestation. De bekrompen stedelingen hebben verschillende ideeën over hun soort liberalisme. Billy Jack wordt vrijgelaten en de zaken lopen hoog op voor de school. Studenten worden bedreigd en mishandeld en de indianen in het naburige dorp worden beschimpt en mishandeld. Nadat Billy Jack een vision quest heeft ondergaan, smeden de gouverneur en de politie een plan om permanent een einde te maken aan hun liberale bedriegers, en laten ze het aan Billy Jack over om het op te lossen.
Federico is een pedofiele kindermoordenaar die op de vlucht is. Gewond wordt hij gevonden door de twaalfjarige Simona, die hem begint te verzorgen. De moeder van Simona ontdekt de voortvluchtige man en heeft zo haar eigen plannen met hem.
Tegen zijn wil wordt commandant Ward Stewart officier op de onderzeeboot USS Corsair. Vlak voordat hij zal vertrekken beleeft hij een romance met onderwijzeres Jean Hewlett, niet wetende dat zij het liefje is van zijn toekomstige baas Connors.