De legendarische samoerai Jubei Yagyu moet het opnemen tegen een necromancer en zijn leger van ondoden om Ohiro, het jonge ninjameisje, te redden uit de klauwen van Inshun Hozoin, de kwaadaardige man die aan de vooravond van Armageddon heer van de duisternis zal worden. Geen enkele levende man is opgewassen tegen het zwaard van Jubei, maar welke vaardigheid kan deze mythische zwaardvechter gebruiken om een leger van ondoden te verslaan?
Miljarden jaren geleden strooide een machtige buitenaardse intelligentie de zaden uit voor de evolutie op verschillende planeten waaronder de aarde. Ondanks alle tegenslagen groeide de aarde uit tot een planeet vol leven. Maar iets verderop in het universum ontwikkelde zich een agressieve beschaving van reptielachtige wezens die het hebben voorzien op de aarde. Ze roeien vrijwel de hele mensheid uit en staan op het punt hun beestachtige werk af te ronden. De enige die dat nog kan voorkomen is een eenvoudige schooljongen met verborgen krachten. Alleen hij kan de aardse tegenhanger van de buitenaardse supercomputer in gang zetten. Deze "Delta Boy" moet alles op alles zetten om de mensheid van de totale ondergang te redden. Delta Boy reist door tijd en ruimte om zijn krachten onder de knie te krijgen en de beslissende slag te leveren.