Merc Storia speelt zich af in een wereld waar mensen en monsters naast elkaar bestaan. De hoofdpersoon, Yuu, is een leerling-genezer en bezit het vermogen om monsters te temmen. In een zoektocht om de herinneringen aan Merc, een meisje dat opgesloten zit in een fles, terug te krijgen, begint het paar aan een reis.
De planeet Zion is de laatste hoop voor de mensheid om te overleven. Maar de legioenen van Slachtoffers zijn van plan de mensheid te vernietigen! Vijf mensachtige gevechtswapens, Ingrids genaamd, zijn in staat de aanval te stoppen, maar alleen de beste piloten worden gekozen om Pilot Candidates te worden. Het lot van Zion ligt bij deze uitverkorenen.
Rei Suzumura, Zero the Silver Fanged Knight, patrouilleert in zijn eentje wanneer hij de witte Horror Ring tegenkomt, die een commune heeft gecreëerd waar Horrors en mensen in harmonie samenleven, zolang één mens per maand zich laat verslinden door de Verschrikkingen. Rei krijgt, samen met Makai-priester Cain en de ridder-in-opleiding Yuna, van de Makai-senaat de opdracht om Ring te doden en de mensen onder zijn slavernij te bevrijden door middel van Yuna's moeder, de Makai-priesteres Iyu.
Tokyo Butei High School is een speciale school waar gewapende rechercheurs, de Butei, worden getraind in het gebruik van wapens. Kinji Touyama is een tweedejaars student en heeft de bijzondere eigenschap dat hij, wanneer hij opgewonden raakt door het andere geslacht, bijna bovenmenselijke kracht ontwikkelt. Hij houdt dit echter geheim, zodat hij een gewoon, vredig leven kan blijven leiden. Op een dag wordt hij echter op weg naar school betrokken bij een bomaanslag en ontmoet vervolgens Aria H. Kanzaki, waardoor er abrupt een einde komt aan zijn vredige schooltijd.
In de nabije toekomst zijn de geesten van mensen verbonden met The Feed, waardoor ze direct verbonden zijn. Wanneer iets of iemand het binnenvalt, loopt iedereen gevaar.
Op het continent Yggdra leven mensen, ogres, reuzen, bosgeesten en vele andere wezens samen. De harmonie wordt verbroken door de machtsovername van de Dark King, die deze wereld in duisternis wil storten met behulp van een mysterieus boek genaamd Chain Chronicle. In plaats van een partij te zijn voor zijn leger, kwam een handvol vrijwilligers, onder leiding van de onverschrokken kapitein Yuri, toch tegen hem in opstand...