In een wereld waar de goden uit de hemel zijn neergedaald, ligt de stad Orario met de Dungeon, die een assortiment monsters bevat, van goblins tot draken. Avonturiers doden die monsters en nemen hun scherven, die vervolgens worden gebruikt om magische voorwerpen te maken. Om een avonturier te worden, sluiten mensen zich aan bij groepen genaamd Familia. Elk daarvan is vernoemd naar en dient een plaatselijke godheid. De avonturiers en hun eigenschappen en vaardigheden worden gerangschikt op niveau, verbeterd door ervaring en onder toezicht van de godheid van hun Familia. Bell Cranel, een beginnende avonturier, is het enige lid van de Familia onder de godin Hestia. Nadat hij is gered door topavonturier Ais Wallenstein van de Loki Familia, wordt hij verliefd op haar en besluit hij zich te verbeteren en haar aandacht waardig te worden. Terwijl hij zich er meestal niet van bewust is dat andere meisjes, goden en stervelingen ook gevoelens voor hem ontwikkelen. Vooral Hestia zelf.
In de lente, wanneer de bloemblaadjes van de kersenbloesem vallen, verhuist Yū Narukami naar Yaso Inaba om bij zijn oom en neef te gaan wonen vanwege familieomstandigheden . Hij gaat naar de Yasogami High School, waar zijn schoolleven vol evenementen begint. Wanneer er echter seriemoorden plaatsvinden in het vredige stadje, wordt Yū wakker geschud door de kracht van zijn hart dat in een fysieke vorm is veranderd: A Persona. Binnen deze nieuwe mysteries bevindt zich Marie, een inwoner van de alternatieve wereld, de Fluwelen Kamer, die geen herinneringen heeft aan haar verleden. Samen met zijn vrienden moet Yū alle raadsels oplossen die voor hem liggen en Yaso Inaba redden van verder geweld.
Gabriel, een gewone jongen die net uit Londen is verhuisd, verveelde zich met zijn omgeving, totdat hij op een dag een sliert paarse rook uit het raam van zijn huis zag. Op dat moment achtervolgde hij haastig de rook, op zoek naar elke vorm van vrijheid en plezier. Hoewel dat niet het geval zou moeten zijn, kruisen de werelden van jongens en tovenaars elkaar al snel...
Touka Kuroitsu is een onderzoeksassistent die behoort tot de Monster Development Department van de kwaadaardige organisatie Agastia. De vijand waarmee ze nu moet vechten zijn echter niet de helden van gerechtigheid, maar haar baas.
Zolang gerechtigheid bestaat, zal ook het kwaad bestaan. Dit is het verhaal van degenen die in het geheim vechten in de schaduw van gerechtigheid en de confrontatie van het kwaad.