Het verhaal behandelt verschillende afzonderlijke maar met elkaar verweven verhaallijnen, waarbij de hoofdrolspelers Kiu Fung, Duen Yu en Hui Juk centraal staan.
Takemoto Yuuta, Mayama Takumi en Morita Shinobu zijn studenten die een kleine appartement delen. Ook al leven ze in armoede, ze kunnen alle drie genieten van kleine dingen in het leven. Het verhaal volgt de levensverhalen van deze personages als arme studenten, evenals hun liefdesleven wanneer een klein maar getalenteerd 18-jarig meisje genaamd Hanamoto Hagumi verschijnt.
De aan geheugenverlies lijdende Kaaiman probeert de vloek van zijn hagediskop ongedaan te maken door de verantwoordelijke tovenaar te doden, met de hulp van zijn vriend Nikaido. In the Hole is dat een bedreiging.
Heksen werden ooit gerespecteerd vanwege de wijsheid en magie die ze aan mensen gaven. Maar met de opkomst van het Gear Expansion-tijdperk beschouwde de nieuwe wetenschappelijke gemeenschap ze als vijanden die de vooruitgang van de samenleving hinderden. Zo begon de slachting van alle heksen, waaronder iemand die een mensenjongen genaamd Adonis had begeleid. Nadat hij getuige is geweest van haar dood, zweert Adonis bloedvergieten en terreur te zaaien voor het menselijk ras.
Na een onverwachte crisis doen agenten van een bekend agentschap in Parijs hun uiterste best om hun beroemde cliënten tevreden te houden en hun bedrijf te redden.