De laatst overgebleven menselijke soldaten van een verwoeste aarde vechten tegen de machines voor een laatste kans voor hun soort om te ontsnappen en te overleven.
Na het einde van de Tweede Wereldoorlog verblijft voormalig SS-kolonel Von Rittenau in een Frans kasteel met een groep nieuwe nazi's. Von Rittenau neemt zeven voormalige geallieerde geheim agenten gevangen nadat hij hun namen ontdekt in een oud Gestapo-archief en wil nu wraak op hen nemen.
In juni 1945 gaat Yamauchi Fusako alleen naar Manchuria, waar haar man, Setsuo, een tweede luitenant van het Kwantung -leger, is gevestigd. Op dat moment hadden 200.000 Japanners zich gevestigd in Manchuria, een Japans bezet territorium. Fusako wordt veilig herenigd met haar man op het hoofdkwartier van het vijfde trainingssquadron van het Kwantung -leger in Dahushan in Manchuria. Setsuo zorgt ook voor zijn geliefde vrouw, maar zijn positie is een instructeur van de jonge soldaten die uiteindelijk zelfmoordaanvallen zullen uitvoeren. Hij vraagt zich af of hij haar had moeten oproepen en spreekt over deze gemengde gevoelens tot zijn commandant, Michiba Kazuo, een eerste luitenant. Michiba maakt zich zorgen over de pogingen van Setsuo om zijn vrouw te koesteren vóór de komende confrontatie op Homeland. Fusako leert over het leven in Manchuria van de vrouw van Michiba, ETSU.
Ervaar het verhaal van de piloten die tijdens de Tweede Wereldoorlog het geluk van de geallieerden veranderden, bekend als de Mighty Eighth Airforce. Met nog nooit eerder vertoonde archiefbeelden, vlieg je mee in de cockpits van de vliegtuigen die Hitlers dreigende luchtmacht vernietigden; De Luftwaffe. Ze zullen gevaarlijke missies uitvoeren en hun aankomst in Duitsland aankondigen met duizenden witte dampsporen en luchtgevechten met nazi-piloten, waarbij ze bommen op het Reich zullen laten vallen. Dit is het echte waargebeurde verhaal van the Mighty Eighth.
Nadat hij Logos en de Earth Alliance heeft verslagen, onthult de triomfantelijke voorzitter Durandal nu zijn ultieme plan voor de mensheid. De wereld reageert met verwarring en afgrijzen op de details van het Destiny Plan, maar Durandal is te ver gekomen om iemand zijn droom van eeuwige vrede en geluk in de weg te laten staan. Met behulp van de wapens van zijn gevallen vijanden laat de voorzitter zien dat hij voor niets zal stoppen om zijn nieuwe wereld te creëren. De Aartsengel en zijn bondgenoten zijn nu de laatste hoop van de mensheid om Durandal ervan te weerhouden zijn plannen uit te voeren. Opnieuw begint een hevig gevecht rond het Requiem-kanon en zijn relaisstations, en de Gundam-piloten ontmoeten elkaar in een laatste confrontatie boven het maanoppervlak. Shinn tegen Athrun, Kira tegen Rey, Aartsengel tegen Minerva... Uiteindelijk kan er maar één overwinnaar zijn.