Terwijl Commander Cobra en Serpentor elkaar de schuld geven van het voortdurende falen van de organisatie, infiltreert Pythona, een vrouw van de geheime beschaving Cobra-La, in de Terror Drome. Onthuld aan Serpentor, informeert ze hem dat Cobra-La de persoon was die verantwoordelijk was voor het inspireren van Dr. Mindbender om Serpentor te creëren. Op zijn aandringen besluit Serpentor G.I. Joe's nieuwste wapen, de Broadcast Energy Transmitter (BET), te stelen.
De film speelt zich af in de verre toekomst in een stad genaamd Cahpon. Een wetenschapper creëert een synthetische levensvorm genaamd Noiseman, die muziek uit de ether verwijdert door er kristallen van te maken. Een groep Biker-straatkinderen komt in opstand tegen deze tirannie.
De Shadow Men zijn onsterfelijke wezens van duisternis en vernietiging. Een van die schaduwmannen, Os (Zane), wordt geconfronteerd met de Witte Krijger, een wezen van licht, en krijgt de kans om zijn manier van doen te veranderen of te sterven. Nadat de Witte Krijger Os in de strijd heeft verslagen, opent ze zijn hart voor de kracht van liefde en geeft ze hem de opdracht de krijgers te vinden die de vertegenwoordiging zijn van de vijf elementen en die de wereld zullen redden.
De oprichting van een nieuwe winkel in de stad wordt een bron van problemen wanneer een ongelovige journalist de waarheidsgetrouwheid van de artikelen in twijfel trekt. De eigenaar zegt dat hij Merlijn heet en om hem te overtuigen hoe echt de magie van zijn producten is, laat hij hem het boek met spreuken en trucs achter, zodat hij het zelf kan bekijken. Het resultaat zal ongelooflijk onverwacht zijn. Maar de problemen vermenigvuldigen zich wanneer gevaarlijk speelgoed wordt gestolen en in handen valt van een gezin dat zich niet bewust is van kwade krachten.