Op weg naar het binnenland komen Dr. Dolittle en zijn dieren voor een nare verrassing te staan. De inboorlingen vangen ze op en houden ze achter slot en grendel.
Vijf jonge super helden ninja's in dienst van de International Science Organization verzetten zich tegen een internationale terroristische organisatie van technologisch geavanceerde schurken die proberen de natuurlijke hulpbronnen van de aarde te beheersen.