In de verre toekomst zijn de planeten nu verbonden met een enorm galactisch spoorwegsysteem. De Galaxy Express 999 is neergestort op een mysterieuze planeet. Aan boord zijn The Conductor, Killian, Maetel en Tetsuro, een tienjarige straatjongen met een hart van goud. Nu is het aan het SDF Sirius Platoon om hen te redden voordat het Herise Time Mystery – een breuk in de diepe as van tijd en ruimte – zich herhaalt.
Lupin ontmoet Rebecca op een eiland om scheidingspapieren te ondertekenen, maar ze worden onderbroken door een aanvallende horde zombies. TV-nieuws waarschuwt dat zombie-infecties zich over heel Italië verspreiden. Lupin ontsnapt onvermijdelijk aan de zombies, maar een stem roept 'cut!' echode uit het niets... In werkelijkheid was Rebecca bezig met het opnemen van een zombiefilm en bedroog ze Lupos. Beschaamd dat het hem niet zal lukken, probeert Lupin de gefilmde film te stelen...!?