Tokio, 1969. De aarde wordt aangevallen door de 'Invaders'. Het publiek is zich hiervan niet bewust, maar bij de geheime organisatie, A.E.G.I.S., is de dreiging bekend, en het is aan hen en hun speciaal uitgeruste 'Gate Keepers' om deze invasie te stoppen.
Dr. Saotome keert terug uit de dood nadat hij schijnbaar is vermoord door Getter Pilot Nagare Ryoma en bedreigt de wereld met zijn ultieme creatie: de Shin Dragon. Ryoma werkt met tegenzin samen met zijn voormalige co-piloten Jin Hayato en Tomoe Mushashi om Dr. Saotome te bestrijden. De piloten moeten ook omgaan met de mysterieuze indringers, buitenaardse wezens die het vermogen hebben om mensen te bezitten en hun vlees te verwarmen om afschuwelijke wezens te vormen.
Een man van middelbare leeftijd met slechts één passie in zijn leven komt op een passende manier aan zijn einde bij een verkeersongeval. Dat is waar de meeste verhalen eindigen, maar in plaats daarvan begint zijn verhaal wanneer hij herboren wordt als wat hij het meest bewonderde in zijn leven: een automaat! Maar zijn nieuwe leven vindt plaats op de slechtst mogelijke plek: wat kan een automaat doen in een kerker vol monsters als hij niet kan praten of zelfs maar kan bewegen?