De spanningen nemen toe in New Port City als demonstraties worden gehouden voor de belangen van buitenlandse kartels. De situatie escaleert wanneer de oproerpolitie uit het niets het vuur opent op het publiek. Ze blijken te zijn ge-cyberhackt door de terrorist ‘Fire Starter’. Onder leiding van Motoko Kusanaki onderzoekt Unit 9 het incident en proberen ze de waarheid te achterhalen.
Middels verschillende tijdreizen probeert een agent van een geheime overheidsorganisatie zijn carrière bij de rechtshandhaving voor eeuwig te garanderen. Bij zijn laatste opdracht moet de agent zijn jongere ik aanwerven terwijl hij die ene crimineel die hem gedurende zijn hele carrière te snel af is moet zien te vinden.