In de jaren 20 ontketent ontdekkingsreiziger Bruce Wayne per ongeluk een oud kwaad. Na een onderbreking van twee decennia keert hij weer terug naar Gotham City als Batman. Logisch en wetenschappelijk gedreven moet hij het opnemen tegen Lovecraftiaanse, bovennatuurlijke krachten die het voortbestaan van Gotham bedreigen. Tijdens zijn missie wordt Batman geholpen en geconfronteerd met vernieuwde versies van zijn bekende bondgenoten en vijanden, waaronder Green Arrow, Ra's al Ghul, Mr. Freeze, Killer Croc, Two-Face en James Gordon.
Peter is op zoek naar zijn lang verloren gewaande zus als hij op het marktplein een pad kruist met een waarzegster. Zijn enige vraag is: leeft zijn zus nog? Het antwoord, dat hij een mysterieuze olifant moet vinden en de tovenaar die hem zal toveren, zet Peter op een reis om drie schijnbaar onmogelijke taken uit te voeren die het aanzien van zijn stad voor altijd zullen veranderen.
46 uur vóór de gebeurtenissen van 'EVANGELION:3.0 KUN JE (NIET) OPNIEUW DOEN.' Midori herinnert zich haar leven na Near Third Impact en hoe ze wordt gered door WILLE.