Grootvader Ward geeft een paard aan zijn kleinkinderen die hij heeft gevonden en behoudt het paard in hun flat in Dublin. Het paard word van hen gestolen, waarbij twee jonge jongens erop uitgaan en het paard proberen terug te vinden!
Drie nog jonge broers hebben tegen de zin van hun vader hun hele leven al ninja-trainingen gekregen van hun Japanse grootvader. Wanneer een voormalige leerling van hun opa, die zijn ninja-opleiding voor slechte doeleinden gebruikt, door hun vader in het nauw wordt gedreven wil hij hen laten kidnappen. Nu moeten de jongens hun speciale technieken inzetten om zich te verdedigen.
De geheimzinnige Munchie-monstertjes worden herontdekt in een grot in Peru. Een groep wetenschappers neemt een Munchie mee naar het laboratorium om er tests op te doen, maar het beestje ontsnapt en komt bij een gezin terecht waar hij het wel erg bont maakt.
Tegen de waarschuwingen van haar vader in gaat Crysta, de nieuwsgierige boomfee, op zoek naar de wereld achter FernGully. Ze ontdekt Zak, een levensgroot mens, die bezig is om het regenwoud te vernietigen. Wanneer Zak oog krijgt voor de schoonheid en magie van FernGully, zweert hij dat hij het zal beschermen.
Pico de houtwurm maakt de reis van zijn leven in dit verhaal, dat gebaseerd is op de ontdekkingsreizen van Christopher Columbus. Pico legt aan Columbus uit dat de Aarde helemaal niet plat is, maar ... vierkant! Tja, weet zo´n houtwurm veel! Als beloning mag Pico met Columbus mee op ontdekkingsreis. Onderweg maakt hij kennis met het vuurvliegje Marilyn, op wie hij ook verliefd wordt. Samen ontdekken ze Amerika, waar ze op zoek gaan naar het geheim van de verborgen Gouden Tempel.