Ryunosuke heeft een interessant leven voor een tienerjongen. Zijn moeder runt een wapenbedrijf, zijn vader is een ongelooflijke uitvinder die op de vlucht is voor zijn gescheiden vrouw. En zijn metgezel is een schoolmeisje/Android met de hersenen van een kat die hij op kerstavond vond toen hij werd aangevallen door de bemanning van zijn moeder.
Welkom in de fascinerende wereld van Gensokyo, waarin youkai, dieren en sommige mensen leven, volledig gescheiden van onze wereld door een magische barrière. De enige toegangspoort tussen de twee werelden is het Hakurei-heiligdom. Reimu Hakurei is het meisje dat in dat heiligdom werkt. Telkens wanneer zich problemen met bovennatuurlijke oorzaken voordoen, gaat Reimu met haar vrienden op pad om de oorzaak te onderzoeken, weg te nemen en hopelijk Gensokyo in evenwicht te brengen.
Wat als je erachter komt dat je ouders robots zijn? Dat gebeurt Fay (14) en Boris (10): hun ouders hebben zichzelf hebben laten vervangen door robots. Robots die precies op hun ouders lijken.