Gabriel, een gewone jongen die net uit Londen is verhuisd, verveelde zich met zijn omgeving, totdat hij op een dag een sliert paarse rook uit het raam van zijn huis zag. Op dat moment achtervolgde hij haastig de rook, op zoek naar elke vorm van vrijheid en plezier. Hoewel dat niet het geval zou moeten zijn, kruisen de werelden van jongens en tovenaars elkaar al snel...
Doc Ido, een arts en monteur die in de postapocalyptische 'Scrapyard' woont en werkt, vindt de overblijfselen van een vrouwelijke cyborg op een schroothoop.
Nadat hij haar weer tot leven heeft gewekt en opnieuw heeft opgebouwd, begint de aan geheugenverlies lijdende 'Gally' een leven voor zichzelf in een wereld waar elke dag een nieuw gevecht met zich mee kan brengen.
Federatietroepen en Zeon-troepen voeren een felle strijd in de Thunderbolt Sector in wat ooit Side 4 'Mua' was. De Thunderbolt Sector is een ondiepe zone die bestaat uit het puin van vernietigde ruimtekolonies, genoemd naar de elektrische ontladingen van het metaalpuin. MS-piloot Io Flemming behoort tot de Federatie-soldaten die naar het gebied worden gestuurd, waar Zeon-sluipschutter Daryl Lorenz hen op het slagveld opwacht.
Het Palam-rijk breidt voortdurend zijn machtssfeer uit met de hulp van de Heaven's Spirit Flower, waardoor iemand tijdelijk bovennatuurlijke vermogens kan verwerven. Iedereen die zich tegen hem verzet, zal genadeloos worden vernietigd. Een van de slachtoffers van Palams politiek is de meester van Alka, een krijger van de Clan of the Sword, die wraak heeft gezworen en specifiek door Palam wordt opgejaagd vanwege haar dodelijke vechtvaardigheden.
Takumi Nishijou, een middelbare scholier aan de Private Suimei Academy, hoort op een dag over de 'nieuwe generatie'-moorden die in de stad plaatsvinden. Hoewel hij het onderwerp afwijst omdat hij er niet bij betrokken is, begint Takumi vreemde ongelukken om hem heen te ervaren, van een gruwelijke foto die hij ontving terwijl hij op zijn pc zat, tot een mysterieus rozeharig meisje dat op een moordscène staat.
Vanaf dat moment worstelt Takumi met het omgaan met de gebeurtenissen die zich om hem heen afspelen, en is hij zich al snel niet bewust van wat echt is of een waanidee. Terwijl zijn lot voor hem opengaat, probeert de dader achter de 'New Gen'-gebeurtenissen hem te vinden, waardoor hij naar een wereld wordt geleid waar niets is wat het lijkt.
Er is één bijbelse figuur die door joden, christenen én moslims wordt vereerd. Zijn naam is Mozes. Hij is de man die een machtige positie verwierf en daardoor in staat was zijn volk te verdedigen en te bevrijden. The Ten Commandments dramatiseert het bijbelse verhaal van Mozes.