Op het continent Yggdra leven mensen, ogres, reuzen, bosgeesten en vele andere wezens samen. De harmonie wordt verbroken door de machtsovername van de Dark King, die deze wereld in duisternis wil storten met behulp van een mysterieus boek genaamd Chain Chronicle. In plaats van een partij te zijn voor zijn leger, kwam een handvol vrijwilligers, onder leiding van de onverschrokken kapitein Yuri, toch tegen hem in opstand...
UC 0096. Drie jaar zijn verstreken sinds het einde van de Tweede Oorlog tegen Neo-Zeon. De Vist Foundation, verdacht van het manipuleren van zowel Anaheim Electronics als de federale overheid, bereidt zich voor om een geheim object over te dragen aan de Manchettes, de overlevenden van Neo-Zeon, in de hoop een nieuwe wereld te creëren. De uitwisseling moet plaatsvinden op de industriële kolonie Industrial 7. Dit is waar Banagher Links woont, een jonge middelbare scholier die een jong meisje redt dat gevangen zit in de zwaartekrachtzone van de kolonie...
Tijdens een concert van het populaire zangduo 'Zwei Wing' vallen monsters genaamd 'Noise' plotseling aan en beginnen het publiek te doden. Het meisje Hibiki ziet haar zekere dood al aankomen als Tsubasa en Kanade, de zangers van Zwei Wing, plotseling transformeren en tegen de monsters beginnen te vechten. Voor Hibiki zou deze dag een noodlottig keerpunt worden dat haar leven en toekomst voor altijd zou beïnvloeden.
Het verhaal begint met een confrontatie tussen twee rivaliserende helden, ZET en ALPHAS, en gaat vervolgens terug naar hun oorsprong - Jin Kanzaki, een jonge man met het vermogen om te transformeren in een bovenmenselijk wezen dat bekend staat als ZET, en Kouga Amagi, een jonge man met een sterk rechtvaardigheidsgevoel die technologie gebruikt om te vechten als ALPHAS.
Lang haar, slanke benen en grote borsten – als middelbare scholier Natsuru Senô op een ochtend wakker wordt, is hij verbaasd. Hij is een meisje geworden! Natsuru vindt echter niets grappigs aan wat anderen zouden beschouwen als de vervulling van hun wildste fantasieën. Zijn knuffeldier legt hem uiteindelijk uit dat hij werd uitgekozen om een ‘vechter’ te zijn. Het addertje onder het gras: een vechter moet een vrouw zijn! Dus vanaf nu verandert Natsuru voor elk gevecht in een meisje - en in de populairste van de hele school!