Het verhaal draait om 'Chronos Rulers', degenen die vechten tegen de tijdrovende demonen die verschijnen wanneer mensen wensen dat ze de tijd konden terugdraaien. De Chronos Rulers voeren een tijdmanipulatiestrijd tegen deze demonen.
In de late Edo-periode had Japan een ongekende crisis doorgemaakt door Kurofune (Black Ships), de schepen uit het buitenland. Maar een gigantische robot genaamd Onigami, die al sinds de oudheid bestaat, verdreef de Kurofune-schepen en de uitsluiting van buitenlanders werd bereikt. Het verhaal begint in Japan, waar de Meiji-restauratie in 1868 niet heeft plaatsgevonden.
We bevinden ons in een Meiji-tijdperk in Japan, waar mensen en youkai naast elkaar bestaan. Om de onderlinge conflicten het hoofd te bieden, richt de regering het 'Ministerie van Youkai en Volk' op, wiens taak het is de vrede te waarborgen. De medewerkers van het ministerie bestaan uit zowel mensen als youkais, evenals het mens-youkai-meisje van gemengd ras Zakuro. Samen strijden ze voor een beter begrip tussen de twee groepen.
Gigi is een tovenaar prinses die uit het denkbeeldige land Fenarinarsa komt. Dit land is de thuisbasis van alle denkbeeldige personages en sprookjes, maar het wordt met uitsterven bedreigd omdat de mensen op aarde hun vermogen om te dromen hebben verloren en geen hoop meer hebben voor de toekomst. Om dit evenwicht te herstellen, sturen de koning en koningin van Fenarinarsa hun dochter Gigi naar de aarde om hun dromen en hoop voor de mens te herstellen. Hiervoor heeft ze een toverstaf die haar kan veranderen in een mooi jong meisje dat vrijwel alle bestaande beroepen kent. Maar Gigi is niet de enige die deze taak volbrengt, aangezien ze wordt vergezeld door drie dieren, eveneens afkomstig uit het denkbeeldige land.
De anime begint met uitwisselingsstudent Tatsuma Hiyuu die arriveert op Magami High School. De schooldelinquent Kyouichi Houraiji daagt hem uit om in de klas te vechten. Houraiji is een zwaardvechter en Hiyuu is bedreven in vechtsporten. De aanvoerder van de worstelclub, Yuuya Daigo, wil ook zijn krachten testen met Hiyuu en ze ontmoeten elkaar in een vervallen gebouw vlakbij de school. Maar de ontmoeting van de drie blijft niet onopgemerkt, want studentenvertegenwoordiger Aoi Misato en de vrouwelijke aanvoerder van de Kyudo-club Komaki Sakurai willen voorkomen dat de jongens gaan vechten. Plots verschijnen er vreemde vlekken op de huid van de vijf studenten en verschijnt er een demon. Ze slagen erin hem te verslaan, maar zijn daarna niet slimmer dan voorheen. Waar komen deze vlekken op haar huid vandaan? Wie zit er achter de demonenaanvallen? En waarom hebben ze plotseling deze speciale vaardigheden en krachten?