Mei Ayazuki, een gewoon middelbare scholiere, wordt het voorwerp van genegenheid voor een stel knappe historische figuren wanneer ze per ongeluk terugreist naar Tokio tijdens het Meiji-tijdperk.
Misha is een klein meisje dat op jonge leeftijd haar moeder verloor en nu bij haar vader woont. Haar vader heeft een dienstmeisje in dienst genaamd Tsubame, een voormalig ambtenaar van de Zelfverdedigingsmacht, en ook een lolicon.
Tomari Hinowa is een normale middelbare scholier, totdat hij op een dag te horen krijgt dat hij de vrouw moet worden van een mysterieus wezen genaamd Kanenogi. Dit is het begin van hun pasgetrouwde leven.
Tadashi Satomi is een virtueel idool onder de naam μ, en haar missie is om de bittere gevoelens en ontevredenheid van haar gebruikers te bevredigen. Ze gelooft dat de mensheid voortdurend moet lijden en daarom lokt ze met haar muziek mensen naar de virtuele wereld van Mobius. Maar dat is voor haar niet genoeg: ze sluit mensen op in deze wereld zodat ze bevrijd worden van het lijden van de werkelijkheid en al hun wensen uitkomen.
Het Gunpla Force Battle Tournament is een groot evenement dat één keer per jaar in GBN wordt gehouden. In de laatste ronde strijden Avalon, geleid door kampioen Kyoya Kujo, en de elite 7e Panzerdivisie onder leiding van de sluwe Rommel. Beginnend met Kyoya's Gundam AGE II Magnum, gaan verschillende Gunpla het veld op om te bepalen welke de sterkste kracht is!
In een welvarende stad genaamd Russell City begint zich een voorteken af te tekenen dat de wereld dreigt te doen wankelen. Een man genaamd Sword is de eerste die de eerste aanwijzingen van het complot hoort, en stort zichzelf in een schaduwoorlog om het bloot te leggen. Zijn enige aanwijzing is het sleutelwoord 'El Dorado.' Hij ontmoet Sophie, een vrouw die op zoek is naar haar vermiste oudere broer, die haar alleen maar achterlaat met dezelfde woorden: 'El Dorado.' Nu Sword in het verleden ook zijn jongere zus heeft verloren, worden beiden tot elkaar aangetrokken door de woorden en werken ze samen om de betekenis ervan te achterhalen.
Zes middelbare scholieren hangen rond in een plaatselijke supermarkt waar ze over hun dagelijks leven praten. Haruki Mishima en Towa Honda zijn eerstejaarsstudenten die uitkijken naar de middelbare schoolervaring. Naast hen is er NASA Sanagi, het enige lid van de kookonderzoeksclub. Natsu Asumi is een eenling, maar heeft derdejaarsstudenten, Mikado Nakajima en Masamune Sakurakoji, die op hem letten.
In een wereld die vergelijkbaar is met de onze, zijn er naast normale mensen ongeveer 5% mensen met speciale vaardigheden, genaamd “Espers”. Op enkele uitzonderingen na staan normale mensen vijandig tegenover espers.
Een onconventionele criminele organisatie genaamd P.A.N.D.R.A. heeft zichzelf tot doel gesteld de espers te beschermen en de wereld van al het kwaad te verlossen. Op hun basis, een cruiseschip, vangen en beschermen ze kinderen en andere mensen met speciale vaardigheden.
Op hun missie redden ze een mysterieuze esper genaamd Andy Hinomiya, die zich na zijn redding bij de groep voegt.