De legendarische rapgroep The Dirty Dawg had Japan stormenderhand kunnen veroveren, maar toen gingen ze uit elkaar. Nu vecht elk lid in een van de vier rivaliserende groepen. De gevechten worden uitgevochten met rap en de Hypnosis Mic, een microfoon die de menselijke geest kan beïnvloeden.
Tomoko Konagai is een eerstejaars op de middelbare school en een verlegen meisje. Tomoko heeft drie katten. De vrolijke en levendige Munchkin Maa, de slimme en verantwoordelijke Russische Blauwe Rou en de zachtaardige huilbaby Singapura Shii. Tomoko, wiens enige vrienden haar katten waren, raakt op een dag bevriend met Azumi Shiratori, die ook van katten houdt.
Onze hoofdpersoon, oom, is een slechte vader met een rommelige uitstraling, ook al ziet hij er leuk uit, en versiert hij toiletten. Hij is een gescheiden, alleenstaande vader en woont samen met zijn dochter Min, die zowel goed kan studeren als sporten. Op een dag wordt oom het toilet ingezogen dat hij niet meer gebruikt heeft, en wordt hij een held die de aarde moet redden! De prijs is dat hij zijn uiterlijk verliest en een dik persoon wordt!! De strijd van oom om de aarde en Min te beschermen is begonnen...
In de lente, wanneer de bloemblaadjes van de kersenbloesem vallen, verhuist Yū Narukami naar Yaso Inaba om bij zijn oom en neef te gaan wonen vanwege familieomstandigheden . Hij gaat naar de Yasogami High School, waar zijn schoolleven vol evenementen begint. Wanneer er echter seriemoorden plaatsvinden in het vredige stadje, wordt Yū wakker geschud door de kracht van zijn hart dat in een fysieke vorm is veranderd: A Persona. Binnen deze nieuwe mysteries bevindt zich Marie, een inwoner van de alternatieve wereld, de Fluwelen Kamer, die geen herinneringen heeft aan haar verleden. Samen met zijn vrienden moet Yū alle raadsels oplossen die voor hem liggen en Yaso Inaba redden van verder geweld.
Tijdens het zomerfestival vijf jaar geleden ontmoetten twee meisjes elkaar bij een mysterieuze boom en zagen twee gloeiende bollen. Nu, deze twee meisjes - Saki Hyuga, topwerper in het softbalteam van de school; en Mai Mishou, die liever schetst dan sterren kijken, worden door de geesten van bloemen (Flappy) en vogels (Choppy) gekozen om de zeven fonteinen te herstellen en hun werelden te redden van de donkere herfst. Samen vormen ze de NIEUWE Pretty Cure.