Wat zou u doen als u plotseling midden in een oorlog terecht zou komen? Tiener Amuro Ray ziet zijn leven uiteenvallen als de oorlog zijn huis binnendringt. Tijdens de chaos bevindt Amuro zich in het mobiele pak Gundam, het nieuwe geheime wapen van de Earth Federation, en hij krijgt het op de een of andere manier aan de praat. Amuro en de andere vluchtelingen ontvluchten hun thuisland op het oorlogsschip White Base. Deze groep kinderen en onervaren soldaten zullen de uitkomst van de oorlog veranderen.
De aarde is bevolkt door duizenden buitenaardse wezens uit de hele melkweg. Hoewel alle andere buitenaardse wezens zich bewust zijn van hun aanwezigheid, is dit alleen geheim voor de aardbewoners. Baka, de prins van de planeet Dogra, maakt een noodlanding op aarde en verliest zijn geheugen. Hij trekt met geweld in bij Yukitaka Tsutsui, een eerstejaars middelbare scholier die net op zichzelf is gaan wonen. Het normale leven dat hij ooit kende, wordt snel weggenomen als hij het doelwit wordt van de kwelling van de prins.
Chihaya Ayase heeft het grootste deel van haar leven de modellencarrière van haar zus ondersteund. Wanneer ze een jongen ontmoet die Arata Wataya heet, denkt hij dat Chihaya de potentie heeft om een geweldige karutaspeler te worden. Terwijl Chihaya ervan droomt de beste karutaspeler van Japan te worden, wordt ze al snel gescheiden van haar karuta-spelende vrienden. Nu op de middelbare school speelt Chihaya nog steeds karuta in de hoop dat ze haar vrienden ooit weer zal ontmoeten.
Yuichi heeft zijn neef Nayuki al jaren niet meer gezien. Nu hij terug is, is alle kennis van zijn bezoeken verdwenen. Hij probeert zich aan te passen aan de vaag vertrouwde omgeving, maar de gaten in zijn geheugen achtervolgen hem naarmate de tijd dringt. De stukjes van de puzzel zijn verschenen – een griezelig stille schoonheid met vlammende lokken, het mysterieuze meisje met de gevleugelde rugzak en de zwaard zwaaiende demonen doder – maar het is aan Yuichi om te ontdekken hoe ze in elkaar passen.
Sinds het afstuderen van de senior leden van de club, wordt Takezou uiteindelijk het enige lid van de 'Koto'-club (traditioneel Japans snaarinstrument). Nu het nieuwe schooljaar is begonnen, zal Takezou nieuwe leden voor de club moeten zoeken, anders wordt de club beëindigd. Uit het niets stormt een nieuw lid de bijna verlaten clubruimte binnen en eist dat hij lid wil worden van de club. Hoe kan Takezou zijn club in leven houden en omgaan met deze boef van een nieuw lid?
Kakeru, een voormalige eliterenner op de middelbare school, wordt achtervolgd omdat hij voedsel heeft gestolen. Hij wordt gered door Kansei University-student Haiji, die ook hardloper is. Haiji haalt Kakeru over om in het oude appartement 'Chikuseisou' te gaan wonen, waar hij van plan is samen te werken met medebewoners om deel te nemen aan de Hakone Ekiden Marathon, een van de meest prominente universiteitsraces in Japan. Kakeru komt er al snel achter dat alle bewoners, behalve Haiji en hijzelf, complete beginners zijn.
Het is het jaar 2307 na Christus. Hoewel de fossiele brandstoffen zijn opgebruikt, heeft de mensheid een nieuwe energiebron gevonden om deze te vervangen, in de vorm van een grootschalig systeem voor de opwekking van zonne-energie, gebaseerd op drie enorme orbitale liften. De voordelen van dit systeem zijn echter slechts beschikbaar voor een handvol grootmachten en hun bondgenoten. In deze wereld van eindeloze conflicten verschijnt er een particuliere gewapende organisatie, die zich inzet voor de uitroeiing van oorlog door middel van gewapend geweld. De naam is Celestial Being en hij is in het bezit van 'Gundam' mobiele pakken.
Het is het jaar 2199. Het menselijk ras is verpletterd in hun oorlog met de Gamilos en is door de aanval van de indringer naar ondergrondse steden gedreven. Wetenschappers schatten dat ze nog maar een jaar te gaan hebben. De jonge officieren Susumu Kodai en Daisuke Shima ontvangen een mysterieuze capsule van een schip dat een noodlanding op Mars heeft gemaakt en keren daarmee terug naar de aarde. Het bevat de laatste hoop van de mensheid: de planeet Iscandar aan de andere kant van de Magellan Galaxy heeft de technologie om de Gamilos te verslaan en de planeet te herstellen. Het ruimteslagschip Yamato krijgt deze taak toevertrouwd, maar ze hebben nog maar een jaar voordat de mensheid eindigt.
In de regio Kanto strijden leerlingen om van hun school de heerser van deze regio te maken. Sonsaku Hakufu, die net is overgestapt naar de Nanyou High School, kan niets anders doen dan een aantal middelbare scholieren in elkaar slaan. Hakufu, die de reïncarnatie is van een beroemde krijger uit de oudheid en die geen idee heeft van de betekenis van een Magatama, wordt echter al snel een bedreiging en de clan van de 4 keizers besluit hem te elimineren. Ondertussen is er net een groot toernooi begonnen om te bepalen welke school soeverein van Kanto zal worden...
De Social Welfare Agency redt de levens van terminale patiënten met behulp van cybernetische implantaten. Vervolgens leert het hen te doden. Nadat ze de slachting van haar familie heeft overleefd, ontwaakt de jonge Henrietta in haar nieuwe leven bij de Agency met een herbouwd lichaam en zonder geheugen. Samen met Jose, die verantwoordelijk is voor het veranderen van haar in de perfecte huurmoordenaar, heeft Henrietta een tweede kans gekregen, maar tegen welke prijs?
Yuki Itose is gewoon een typische student die te maken heeft met de druk van de universiteit. Op een dag heeft ze het moeilijk in de trein als een man van de hogere klasse genaamd Itsuomi Nagi haar helpt. Terwijl hij geleidelijk een nieuwe wereld voor haar opent, ontwikkelt Yuki gevoelens voor Itsuomi. Een puur liefdesverhaal begint te groeien.
Na een vliegtuigongeluk komen zeven middelbare scholieren terecht in een parallelle wereld waar magie bestaat. Ze zijn niet echt verrast door deze vreemde situatie en bereiken echte prestaties: het creëren van een niet-elektrische energiecentrale, het overnemen van de economische controle over een grote stad en het bevrijden van de inwoners van de corrupte leiders die hen tiranniseerden... Niemand kan ze tegenhouden!