Signal, een robotgenoot gebouwd voor Nobuhiko, wordt aangevallen door Pulse, een van de eerdere prototypes van de maker. Pulse, opnieuw geprogrammeerd door de mysterieuze rivaal van Dr. Otoi, wordt beladen met wapens en door Otoi op een missie gestuurd: de meest recente robottechnologie stelen en alles vernietigen wat hem in de weg staat.
De laatste aanval van de buitenaardse Wulgaru op de mensheid werd verijdeld door de heroïsche acties van de genetisch verbeterde mensen die bekend staan als de Evolved Children in hun geavanceerde AHSMB-gevechtspantser, maar nu is er een nieuwe aanval gelanceerd op de aarde onder leiding van een nog dodelijkere kampioen, Diorna, gecreëerd uit de fusie van DNA van twee Wulgaru Royals. Helaas is Izuru Hitachi, de leider van Team Rabbits die de Wulgaru Royal Jiart versloeg, nog steeds buiten actie en aan het herstellen, dus de taak om de Majestic Princes te verzamelen en Diorna te stoppen valt op de onvoorbereide schouders van Toshikazu Asagi. Samen met de overige leden van Team Rabbits en het onlangs opgerichte Team Fawn is het aan Asagi om de linie vast te houden tegen de meest meedogenloze tegenstander tot nu toe!
Na de voltooiing van Operatie Exodus moeten de strijdkrachten op aarde lang genoeg overleven voor de versterkingen van Mars. Gedurende deze tijd worden Sandy Newman en haar team geconfronteerd met een uitdaging in hun militaire training in de vorm van een quasi-religieuze groep genaamd Geo Chris, die probeert de aarde weer groen te maken. Ze wisten niet dat de plannen die Mars heeft opgesteld de machines en de strijdkrachten die ertegen vechten zullen doden.
De gevechtslinies zijn getrokken, waardoor oude vrienden Kira en Athrun tegenover elkaar komen te staan in de oorlog. De resulterende strijd zal een keerpunt in hun leven markeren als Athrun en de Zaft-troepen een groot offensief lanceren om de oorlog voor eens en voor altijd te beëindigen!