Vijf jaar geleden namen Shirou Emiya en zijn inmiddels overleden pleegvader Kiritsugu een meisje met buitengewone krachten in huis dat volledig geïsoleerd was opgegroeid van de buitenwereld. Hoewel Shirou weet dat hij Miyu alleen moet behandelen als een middel om de mensheid te redden, voelen de twee zich steeds meer met elkaar verbonden als echte broers en zussen. Maar voordat Shirou Miyu's eerste wens kan vervullen, wordt ze ontvoerd door de familie Ainsworth, die haar willen opofferen. Nu moet Shirou een moeilijke beslissing nemen omdat de grens tussen rechtvaardig en onmenselijk handelen niet langer zo duidelijk lijkt als hij dacht.
Het is het jaar 2961, de tijd van na de overheersing van de mensheid en de natuur heeft het land hersteld. Een jager genaamd Cygnus wordt geroepen om zijn volk te beschermen. Hij reist over een woestijnvallei om zijn stam tegen Ketters te beschermen.
Adams oudere broer kwam een jaar geleden om bij een auto-ongeluk. Zijn familie is sindsdien niet meer hetzelfde. Zijn ouders zijn kapot van verdriet en de tienjarige Adam voelt zich alleen en schuldig over de dood van zijn broer.
Een nieuwe verkoper genaamd Kosuke Okuda ontmoet toevallig Mao Watarai, een vriend uit zijn middelbare schooltijd. Destijds werd Mao gepest en dom genoemd, maar nu is ze een aantrekkelijke vrouw. Kosuke en Mao worden verliefd en besluiten te trouwen, maar Mao heeft een geheim.