De elfjarige Kip is een intelligente en gevoelige jongen met een passie voor antropologie. Zijn moeder bestudeert de ijs mummie Ötzi in het Zuid-Tiroler Archeologiemuseum in Bozen. Als een tragisch ongeval Kips leven verandert, moet hij noodgedwongen verhuizen en zijn vrienden verlaten. Wanneer hij voor de laatste keer naar het museum gaat om Ötzi te begroeten, gebeurt er iets magisch: Ötzi wordt wakker en begint te regenereren. Terwijl Ötzi, incognito, de eenentwintigste eeuw ingaat, zullen Kip en zijn vrienden hem de levenswijze van de moderne tijd moeten leren.
Als een brandende oliewagen met volle snelheid richting Piekepolder rijdt, is Brandweerman Sam direct klaar voor een gedurfde reddingsactie. Mandy en Sarah filmen zijn redding en plaatsen het op hun nieuwe website Piekepolder Online.
De plot van deze film speelt zich 30 jaar na de originele serie af. Wanneer een meteoor op het punt staat de aarde te naderen, ontmoeten Summer Adams, Cole en Bruno elkaar en werken ze samen om de invasie van Onimaro te stoppen met de kracht van een nieuwe Yo-kai Watch en Yo-kai die kunnen wisselen tussen Lightside en Shadowside. . De film zelf dient als proloog op de anime Yo-kai Watch Shadowside, die een paar maanden na het debuut van de film in Japan in première ging.