Het turbulente tijdperk dat bekend staat als de Universele Eeuw is voorbij. Nu kijkt de mensheid uit naar welvaart en vrede in het nieuwe tijdperk dat bekend staat als de Regild Century (R.C.). Een van de belangrijkste hulpbronnen in dit tijdperk is de Capital Tower - een ruimtelift die boven het land uittorent en de aarde met de ruimte verbindt. Het doel ervan is het transporteren van de fotonenbatterijen waarvan de aarde afhankelijk is voor haar energie. Het wordt aanbeden als een heilige plaats. De jonge Capital Guard-cadet Bellri Zenam, die de toren moet beschermen, wordt op een dag tijdens een oefenmissie aangevallen door een krachtig G-Self Mobile Suit. Ondanks dat hij de G-Self nog nooit eerder is tegengekomen, voelt hij een vreemde band ermee en zijn piloot, een ruimtepiraat genaamd Aida Surugan. Bellri weet niet dat hij op het punt staat waarheden te ontdekken die de hele Regild Century zullen doen schudden. Gaan! Core Fighter is de eerste van vijf films.
De nieuwe vijanden, Nahane en Ohanefu, verschijnen samen met de mysterieuze nieuwe gigantische monsterlijke wezens vanuit de ruimte om de aarde over te nemen! De sleutel tot deze evenementen is Shinkalion ALFA-X, dat in het geheim werd ontwikkeld door het Ultra Evolution Institute...!? Voor Hayato en Team Shinkalion, die in vrede leefden, begint de strijd opnieuw.
De achtjarige Mac en zijn denkbeeldige vriend Blooregard Q. Kazoo (of kortweg 'Bloo') krijgen vaak ruzie met zijn 13-jarige broer Terrence. Als Macs moeder dit gedrag beu wordt, vertelt ze hem dat hij zijn leeftijd is ontgroeid om een denkbeeldige vriend te hebben en van hem af moet komen. Verpletterd door het afluisteren van hun argument, behalve Terrence, die nogal tevreden is, komt Bloo later een tv-commercial tegen voor 'Foster's Home for Imaginary Friends' - 'waar goede ideeën niet worden vergeten', aldus het motto.
Iwane Sakazaki keert terug naar zijn vaderland en raakt midden in een incident dat resulteert in de tragische dood van twee van zijn beste vrienden uit zijn kindertijd. Hij besluit zijn domein te verlaten, afscheid te nemen van zijn verloofde Nao, en wordt een zwervende, meesterloze samoerai die niets meer te verliezen heeft. Iwane reist naar Edo, waar hij overdag paling fileert en 's nachts als lijfwacht werkt voor Imazuya, een gerenommeerde geldwisselaar. Hij wint geleidelijk het vertrouwen van de mensen om hem heen vanwege zijn zachte karakter, de ridderlijke manier waarop hij iedereen met hoffelijkheid behandelt, en zijn zwaardvaardigheid. Op een dag ontdekt hij dat Imazuya het doelwit is van een samenzwering om een nieuw monetair systeem van de regering te saboteren, en Iwane besluit de mensen die hem steun hebben gegeven te beschermen.