Met zijn legers die over het continent razen, lijkt het rijk niet te stoppen. Na het veiligstellen van de overwinning op de overblijfselen van het leger van de Republiek, is de uiteindelijke overwinning van het rijk eindelijk binnen handbereik. In het oosten pakken zich echter donkere wolken samen. De door de communisten geleide Russische Federatie verzamelt troepen aan de westgrens en bereidt zich voor op deelname aan de oorlog. Gesteund door een detachement geallieerde vrijwillige magiërs – onder wie Mary Sioux, de dochter van een door Tanya vermoorde soldaat – is de Federatie vastbesloten het communistische geloof te verspreiden en het rijk op de knieën te krijgen. Zal het imperium uiteindelijk als overwinnaar uit zijn strijd tevoorschijn komen, of zal het uiteenvallen tegenover radicaal andere ideologieën?
Dit nieuwe project werd uitgevoerd om 10 jaar Code Geass-saga te vieren. Het verhaal volgt de plot van de samenvattingsfilms en negeert daarom bepaalde aspecten van de serie die daar niet zijn getranscribeerd. Het verhaal begint een paar maanden na de dood van Lelouch, in een wereld die eindelijk vrede heeft. In ieder geval qua uiterlijk. Tijdens een diplomatiek bezoek aan Zilkistan, een woestijnkoninkrijk, worden Zero en Nunnally plotseling aangevallen en ontvoerd.
We zitten in het jaar 2314, 2 jaar nadat de A-LAWs zijn verslagen. De New Earth Federation heeft vrede proberen te realiseren via de afschaffing van wapens op de planeet. Een lang vergeten ruimteschip dat naar Jupiter was gestuurd 130 jaar geleden komt terug zonder een schijnbaar teken van leven. Maar ondertussen zit er een nieuwe buitenaardse bedreiging aan boord; de Extraterrestrial Living-metal Shapeshifters (ELS). De Celestial Being komt terug om de aarde en de mensheid tegen deze nieuwe dreiging te beschermen.