Een mysterieuze vrouw verschijnt voor Otaro Dojima. De mysterieuze vrouw heeft een bleek gezicht met rode lippen. Ze kust hem en hij sterft, maar het volgende moment komt hij weer bij bewustzijn. Hij realiseert zich dat hij nu zeven dagen in het verleden zit. De mysterieuze vrouw volgt hem ook. Door haar kus sterft Otaro Dojima en keert hij keer op keer terug naar het verleden.
Het kunnen zien van geesten en andere bovennatuurlijke geesten is een zware verantwoordelijkheid. Prins Lee Rin (Jung Il Woo) ontdekt, net als zijn vader vóór hem, dat hij het vermogen heeft om geesten en andere bovennatuurlijke wezens te zien. Gewapend met zijn nieuwe vaardigheden wordt Lee Rin de leider van een groep nachtwakers die van zonsondergang tot zonsopgang door de straten patrouilleren om de mensen van de Chosun-dynastie te beschermen tegen kwade geesten. Moo Seok (Jung Yun Ho) is de beste zwaardvechter van het land en de trouwe lijfwacht van de prins. Maar hun loyaliteit zal op de proef worden gesteld wanneer ze allebei verliefd worden op dezelfde vrouw: Do Ha (Go Sung Hee), de opvolger van de Ma Go-stam die hun hulp zoekt om de geesten van de Baek Do-berg te beschermen. Maar Park Soo Ryun (Seo Ye Ji), de dochter van een gerechtsofficier, deinst voor niets terug om met prins Lee Rin te trouwen. 'De Nachtwaker', ook wel 'Dagboek van een Nachtwaker' genoemd,
Toen hun dorp vijf jaar geleden werd weggevaagd, overleefden alleen Shino Inuzuka, Sosuke Inukawa en het meisje Hamaji, opgevoed alsof ze hun zus was. En beide mannen hebben op onverklaarbare wijze dezelfde pioenroosvormige moedervlek. Genpachi Inukai en Kobungo Inuta zijn honderden kilometers verderop opgegroeid als pleegbroers, maar ook zij delen dezelfde moedervlek. Toen ze drie jaar geleden als onderdeel van het leger naar het noorden gingen, gingen ze de confrontatie aan met demonen en kwamen voor altijd getransformeerd terug. Nu is de Keizerlijke Kerk gekomen voor Shino en Sosuke en moeten ze acht mystieke edelstenen en hun eigenaren vinden, anders staat hen een lot te wachten dat erger is dan de dood door toedoen van de Kerk.
Elida, een weeskoningin die weigert haar ware titel te accepteren, geeft er de voorkeur aan om door de Melkweg te speuren en in de problemen te komen terwijl de regering van de Republiek haar koninklijke bloedlijn probeert uit te roeien. Elida's bestaan staat op zijn kop als haar oude vriend Isaac beweert dat Elida's moeder, Xevelyn, nog leeft.
Tokio, 1969. De aarde wordt aangevallen door de 'Invaders'. Het publiek is zich hiervan niet bewust, maar bij de geheime organisatie, A.E.G.I.S., is de dreiging bekend, en het is aan hen en hun speciaal uitgeruste 'Gate Keepers' om deze invasie te stoppen.
Yu-Hsuan verloor haar vriend Chuan-Sheng bij een vliegtuigongeluk. Toen ontdekte ze Chuan-Sheng en een meisje dat op Yu-Hsuan leek, op een foto uit 1998. Per ongeluk was ze teruggegaan naar 1998 en ontmoette ze een jongen die op Chuan-Sheng leek.