Allerlei aaseters en ontbindingsprocessen zorgen ervoor dat het lichaam van het grootste landdier ter wereld, de Afrikaanse olifant, na zijn dood wordt opgeruimd.
Op een eiland voor de Amerikaanse kust wordt een naakte man wakker. Hij blijkt aan ernstig geheugenverlies te lijden. De man weet namelijk niet wie hij is of waar hij vandaan komt. Het is alsof hij zomaar uit de lucht is komen vallen. Verder is hij kleurenblind en heeft hij een vreemd litteken op zijn borst. Al snel wordt duidelijk dat de onbekende man desondanks superintelligent is. Hij spreekt alle talen van de wereld, lost moeilijke berekeningen op binnen enkele seconden en kent zelfs de meest obscure feiten. Het lijkt alsof hij de kennis van de gehele mensheid in zijn hoofd heeft. Gefrustreerd door een gebrek aan antwoorden gaat de man op zoek naar zijn mysterieuze verleden en zijn ware identiteit.
Nadat een mysterieus ruimteschip op aarde is neergestort, daalt een vloot ruimteschepen die behoren tot een ras van buitenaardse wezens bekend als de Zentradi naar de aarde en ontketent een intergalactische oorlog.
Het is dertig jaar na het mislukken van het Ruimte kolonisatieprogramma. De mensheid is bijna uitgestorven. Een eeuwige en dodelijke regen valt op de aarde. Mannen die bekend staan als 'Junkers' plunderen goederen en artefacten uit de ruïnes van de beschaving. Eén zo'n Junker sluipt alleen de gevaarlijkste van alle ruïnes binnen: een 'Sarcofaag stad'. In het centrum van deze dode stad ontdekt hij een vooroorlogs planetarium. En als hij binnenkomt, wordt hij begroet door Hoshino Yumemi, een begeleidende robot. Zonder enige twijfel gaat ze ervan uit dat hij de eerste klant in dertig jaar is die ze heeft. Ze probeert hem meteen de sterren te laten zien, maar de planetarium projector is kapot. Omdat hij geen idee heeft van haar gesprek, stemt hij er uiteindelijk mee in om te proberen de projector te repareren...
De drie zussen Michelle, Maggie en Anita wonen samen in Hong Kong en runnen een detectivebureau genaamd “Detective Agency: The Three Sisters”. Bovendien zijn ze alle drie papiergebruikers, wat betekent dat ze papier naar eigen inzicht kunnen manipuleren. Op een dag worden de drie ingehuurd als lijfwachten voor de jonge schrijver Nenene Sumiregawa, waarna de drie in Nenene's appartement in Tokio belanden. Van daaruit accepteren ze orders van de mysterieuze Dokusensha-organisatie, namens wie ze oude boeken moeten terughalen.