Een virus dwingt mensen om gevangen achter metalen muren te leven. Tien jaar later doen twee jeugdvrienden met superkrachten hun best om de mensheid te redden.
'Prodigal Son' volgt het karakter van Malcolm Bright, die het vermogen heeft om te weten hoe moordenaars denken, hoe hun geest werkt. Waarom? In de jaren '90 was zijn vader een van de slechtste - een beruchte seriemoordenaar die 'De chirurg' heette. Daarom is Bright de beste criminele psycholoog; moord is het familiebedrijf. Bright gebruikt zijn verwrongen genie om de NYPD te helpen misdaden op te lossen en moordenaars te stoppen. Ondertussen moet hij omgaan met zijn manipulatieve moeder, een vervelende normale zus en een moorddadige vader die nog steeds probeert zich te binden aan zijn verloren zoon en zijn eigen voortdurend evoluerende neurosen.
Het liefdesverhaal van Apollo en Emma is een sprookje, tot Emma op mysterieuze wijze verdwijnt. Apollo onderneemt een halsbrekende zoektocht door een ongekend New York.