Akihabara is het centrum van het universum voor de coolste hobby's en meest eigenzinnige amusement. In het voorjaar van 1999 verhuist de helderogige Nagomi Wahira daarheen met de droom om zich bij een meidencafé aan te sluiten. Ze trekt snel een schort aan bij café Ton Tokoton, oftewel de Varkenshut. Maar je aanpassen aan het leven in het bruisende Akihabara is niet zo eenvoudig als het serveren van thee en het verrassen van klanten. Samen met de strenge Ranko, die nooit lijkt te glimlachen, moet Nagomi haar best doen om de Varkenshut te verheffen boven alle andere meidencafés die strijden om de hoogste ranglijst. Onderweg zal ze een plek voor zichzelf vrijmaken te midden van de franjes en spanning van het leven in de Varkenshut. Net wanneer Nagomi's dromen binnen haar bereik zijn, ontdekt ze dat niet alles is wat het lijkt in de meidencafés van Akihabara.
Hoewel de 23-jarige Yamada Naoko een 'super'-goochelaar is, wordt ze voortdurend ontslagen en voortdurend opgejaagd door haar hospita omdat de huur te laat is. Nadat ze opnieuw is ontslagen, laat haar baas haar een advertentie zien van een hoogleraar natuurkunde, een niet-gelovige in alles wat magisch is, die geld aanbiedt aan iedereen die hem kan bewijzen dat magie echt is. Naoko heeft het geld wanhopig nodig en accepteert de uitdaging, en zo ontmoet ze professor Ueda. Ueda valt ten prooi aan haar eenvoudige goocheltrucs en is onder de indruk. Ze schakelt Naoko in om hem te helpen de trucs achter een plaatselijke sekte te ontdekken. Hun hilarische capriolen, samen met die van politieagent Yabe, leiden hen naar nog meer mysteries, allemaal met trucs die moeten worden opgelost in een soort 'X-Files' ontmoet 'Scooby-Doo'...