Het pad van Aster, een overheidsagent, en Halan, een stoïcijnse ex-militair, kruist elkaar wanneer ze samen vast komen te zitten in een van de vele Beacons in de ruimte die dienen als vuurtoren voor intergalactische reizigers. Elke Beacon wordt gerund door één hoogopgeleid mens en een gespecialiseerde kunstmatige intelligentie. Aster vindt op mysterieuze wijze haar weg naar de eenzame Beacon-keeper Halan, en er ontvouwt zich een gespannen wilsstrijd. Halan begint zich af te vragen of Aster vriend of vijand is, omdat haar vermogen om haar agenda en motieven te verbergen haar tot een geduchte tegenstander zou kunnen maken.
Een jonge Taiwanese huurmoordenaar met de codenaam 'Glass Heart' pleegde zelfmoord door van een gebouw te springen, en haar hart werd doorboord door een metalen hek. Wonder boven wonder werd haar leven gered door een harttransplantatie. Tijdens haar herstel begon ze vreemde dromen te ervaren, die haar naar Japan brachten op zoek naar de donor van haar hart, die toevallig Kaori Makimura is, voormalig partner van City Hunter Ryo Saeba.
De auteur vermeldde in het eerste tankoubon-deel dat Angel Heart alleen dezelfde karakters van City Hunter deelt, maar niet de voortzetting ervan. De gebeurtenissen bevinden zich allemaal in een parallel universum en hebben daarom niets met City Hunter te maken.
Een psychologische thriller die zich afspeelt in Manhattan in de zomer van 1979. Een man wordt opgepakt voor een schokkende misdaad – en een onwaarschijnlijke onderzoeker moet het mysterie erachter oplossen.
De duistere fantasie volgt een tweedejaarsstudent op de middelbare school genaamd Akihito Kanbara. Hoewel de jongen een mens lijkt, is hij half Youmu en onkwetsbaar voor wonden omdat hij snel kan genezen. Op een dag ontmoet Akihito eerstejaars Mirai Kuriyama als het erop lijkt dat ze op het punt staat van het dak van de school te springen. Mirai is geïsoleerd vanwege haar vermogen om bloed te manipuleren, wat onder leden van de geestenwereld als ketterij wordt beschouwd. Er beginnen zich verontrustende gebeurtenissen te ontvouwen nadat Akihito Mirai heeft gered.
De zeventienjarige Mugi Awaya en Hanabi Yasuraoka lijken het ideale koppel. Ze zijn allebei behoorlijk populair en lijken goed bij elkaar te passen. Buitenstaanders kennen echter niet het geheim dat zij delen. Zowel Mugi als Hanabi zijn hopeloos verliefd op iemand anders, en ze gaan alleen met elkaar uit om hun eenzaamheid te verzachten. Mugi is verliefd op Akane Minagawa, een jonge leraar die vroeger zijn huisleraar was. Hanabi is ook verliefd op een leraar, een jongeman die al sinds haar kindertijd een familievriend is. In elkaar vinden ze een plek waar ze kunnen rouwen om degenen die ze niet kunnen hebben, en delen ze fysieke intimiteit, gedreven door eenzaamheid. Zullen de dingen voor altijd zo blijven voor hen?
Sasahara Kanji is een eerstejaarsstudent die besluit lid te worden van een studentenvereniging om zijn verborgen gedachten over manga, anime en gaming te delen. Terwijl hij deelneemt aan clubactiviteiten zoals het bezoeken van dojin-winkels en anime-festivals, stelt hij zijn geest open en besluit hij zijn weg te vinden naar de otaku-wereld.