Jaren na de nederlaag van het Reptiliaanse rijk is Getter Team begonnen met training op een nieuwe Super Robot, Neo Getter Robo. Maar een verrassingsaanval van de nieuw levende leider van het rijk dwingt hen om een straatvechter te werven genaamd Go Ichimonji als piloot van Getter One. Geconfronteerd met een enorm krachtige vijand, kan de enige hoop van het nieuwe team op de overwinning liggen in de opstanding van het verloren wapen van de mensheid, Shin Getter Robo.
Cyborg 009 en zijn team worden herenigd om de nieuwste dreiging van de Black Ghost te bestrijden. Voordat ze hun vijand kunnen verslaan, moet het team een leger monsters overwinnen dat is gestuurd om hen tegen te houden, waaronder gigantische kwallen, pijlstaartroggen, plesiosauriërs en verraderlijke cyborgs.
Een reeks escalerende incidenten over de hele wereld leidt tot steeds grotere conflicten, waardoor de superkrachten elkaar in de keel vliegen. Legers marcheren, bommen regenen, soldaten bestormen de stranden. Eén familie is verwikkeld in het steeds groter wordende conflict. Kunnen ze overleven als de totale oorlog wordt verklaard en kernwapens worden losgelaten?