In het Los Angeles van 1947 leidt de verdwijning van vier mannen, waaronder zijn rechercheur, een politiecommandant naar een grot waar hij een griezelige ontdekking doet.
Het verhaal van de anime speelt zich af in het jaar 2202, drie jaar na de terugkeer van de Yamato van de planeet Iscandar. De mensen op aarde herstelden hun planeet met het Cosmo Reverse System en tekenden een vredesverdrag met Garmillas. Naast de wederopbouw heeft de aarde een nieuwe verdedigingsvloot ontwikkeld, waaronder het ultramoderne slagschip Andromeda. De aarde bewandelt een pad van militaire expansie, ondanks de wensen van Starsha Iscandar. De Yamato helpt deze zogenaamde vrede te verwezenlijken, maar dit gaat ten koste van vele onschatbare offers. De godin Teresa, die bidt voor rust in de ruimte, roept de Yamato op voor een nieuwe reis. De dreiging van Gatlantis raast over het universum en nadert de aarde.
20 jaar nadat de bom viel en de mensheid werd vernietigd door plagen, is er een klein groepje mensen die het wel hebben overleefd. In dat groepje zit ook Sarah, die voor de eerste keer in 15 jaar een kindje ter wereld zal brengen.