Het Galman Rijk werd vernietigd, maar de planeet Galmania nog niet, door een toevallige botsing van sterrenstelsels. De Bolar Federatie werelden waaronder Planet Bolar worden hierdoor vernietigd. De Yamato, terug onder het commando van Captain Okita, ontmoet de planeet Denguil te laat om zijn humanoïde beschaving te redden van overspoeling door de water planeet Waterman. De overlevende Denguili, een krijger ras die geloven dat alleen de sterken moeten overleven, zijn van plan om Aquarius te gebruiken om de Aarde te overspoelen en de mensheid te vernietigen, om zo een nieuwe thuis te creëren voor hun ras.
Een religieuze broer en zus overleven samen in de post-apocalyptische Outback, tot de plotselinge komst van een vreemdeling die hen helpt een ruw vliegtuig te bouwen om de woestijn uit te vliegen.
Naoko Yamada, een goochelaar, en Jiro Ueda, een geniale natuurkundige, keren terug om het mysterie van bovennatuurlijke gebeurtenissen op te lossen. In een dorp waar mensen worden genezen, wordt een battle royale gehouden om de opvolger van sjamaan Kamahaeri te vinden. Naoko probeert veel geld te verdienen door deel te nemen aan de Battle Royale, terwijl Jiro wordt uitgenodigd in het dorp om een einde te maken aan deze gewoonte. Naoko en Ueda dagen vervolgens deze verbazingwekkende goochelarij uit...
Een leger van machines uit een ander universum valt Los Angèles aan en zorgt ervoor dat er een grote wereldoorlog begint. John Blake is een surfer uit Californië. Samen met een groepje Amerikaanse mariniers gaat hij het gevecht tegen de machines aan. Nadat zij aankomen in Taiwan, raken ze echter betrokken bij een gevaarlijke strijd.