Takamachi Nanoha is een normale derde-jaars student die zich nutteloos en out-of-plaats voelt en enkel doel voor ogen heeft. Dan op een dag, redt ze een fret, welke een magisch dier blijkt te zijn van een andere planeet, die naar deze planeet kwam om te zoeken naar juweel zaden. Nanoha stemt in om te helpen, maar deze taak wordt ingewikkeld wanneer een ander meisje arriveert en de juweel zaden steelt.
Wanneer een groep archeologen een menselijk skelet wil opgraven naast het historisch monument Stonehenge, wordt er een deel van een eeuwenoude machine onder de stenen ontdekt. Ze weten niet wat het is, maar activeren het apparaat per ongeluk toch. Ze starten daarmee een serie van gebeurtenissen die wel eens het einde zou kunnen betekenen van de wereld zoals wij die kennen.
Een nieuwe kwaadaardige organisatie die bekend staat als Space Shocker en wordt geleid door de magie gebruikende Space Ikadevil en Space Spider Man, bedreigt de aarde door een onbekend fenomeen te veroorzaken. De Space Sheriffs Gavan type-G en Sharivan worden gestuurd om alle magie-gebruikers op aarde te executeren als reactie op de dreiging en beginnen Kamen Riders Wizard and Beast aan te vallen. Het Space Crime Syndicate Madou, dat ooit werd verslagen door de oorspronkelijke Sharivan, keert terug om nog meer chaos in de wereld te veroorzaken. Gedurende deze tijd vindt Yoko een mysterieuze kleine robot genaamd Psycholon, waar Space Shocker en de Madou om onbekende redenen naar op zoek zijn.