Het is een tijd van chaos. De aarde is niet meer wat het geweest is. Het is besmet met een insectachtige soort genaamd de Blue. Yuji Kaido, die een mysterieuze ziekte heeft, wordt in schijndood gebracht totdat er een remedie is gevonden. Wanneer hij wakker wordt, ontdekt Yuji dat het meer dan 20 jaar geleden is dat hij in schijndood werd gebracht en dat de wereld nu wordt beheerst door deze wezens. Hij sluit zich aan bij een groep soldaten die zijn uitgerust met krachtige mecha's om tegen de Blue te vechten voor hoop op een betere toekomst.
De Russen hebben morgen om vier uur een man in de ruimte, de Amerikanen willen in operatie Pilgrim een man op de maan zetten zodat de Russen geen voorsprong meer hebben. Hun toestel is echter half versleten en hij wil zijn familie niet ongerust maken.
Vs draait om vier superhelden (Charge, Cutthroat, Shadow en The Wall) die wakker worden in een schijnbaar verlaten stad, ontdaan van hun superkrachten. Ze zijn ontvoerd door ene Rickshaw. Ze krijgen een reeks psychologische uitdagingen voorgeschoteld waarbij zowel hun eigen levens als die van onschuldige burgers op het spel komen te staan.
Een galactische jager achtervolgt het gevaarlijkste vreemde schepsel in het heelal naar de planeet Aarde. Daardoor komt de mensheid gevangen te zitten tussen het roofdier en zijn prooi.
De planeten Iscandar, Gamilus en Aarde vechten samen tegen een nieuwe gemeenschappelijke vijand. Deze vijand is het Donkere Nevelrijk en zij willen bijzondere mineralen uit Iscandar en Gamilus ontginnen. Het Donkere Nevelrijk is haast onverslaanbaar met hun onverwoestbare ruimteschepen.