Ninja Resurrection speelt zich af in het Tokugawa-tijdperk, in een tijd waarin christenen in Japan werden vervolgd. De leider van de Shimabara-opstand, Amakusa Shirō, hoopte weerstand te bieden aan de regeringstroepen die christenen zoals hij aanvallen, maar wordt vermoord. Kort daarna keert Amakusa's rusteloze geest terug om zijn gevallen kameraden te wreken en is het aan Yagyū Jūbei Mitsuyoshi om een einde te maken aan de demonische aanval.
Het bloedbad op Valentijnsdag is het onderwerp van een Amerikaanse legende, en het verhaal is bij bijna iedereen bekend. Maar het verhaal van die bloedige dag in Chicago is nog nooit eerder op deze manier verteld of gezien. Geavanceerde graphics en hectische recreaties begeleiden Johnny Fratto, zoon van voormalig Al Capone-medewerker Louis 'Lew' Fratto, terug naar Chicago, waar hij bloedbadmythen blootlegt en meer te weten komt over het leven dat zijn vader en ooms leidden toen ze door de wetteloze straten zwierven. in de jaren twintig. Johnny krijgt begeleiding en meningen van een team van gerenommeerde gangsterexperts uit Chicago, en overbrugt de kloof tussen de verhalen die hij als kleine jongen hoorde en de realiteit waarin hij opgroeide in een maffiafamilie. Johnny's kijk op wat er op 14 februari 1929 gebeurde, zal je verrassen.