Een jaar is verstreken sinds Satria Garuda Bima-X VUDO versloeg en de aarde weer in vrede is. Ray en Rena bouwen de Parallelle Wereld weer op. Maar nieuwe kwade krachten vallen aan en oude vijanden staan weer op om de aarde te verwoesten.
Een vreselijke storm op zee verandert de luxe reis van een oceaanstomer in een nachtmerrie! Degenen die het geluk hebben het zinkende schip te overleven, stranden al snel op een onbekend eiland. Er breekt een hel los wanneer de overlevenden gruwelijke, vleesetende beestwezens tegenkomen!
De plot van deze film speelt zich 30 jaar na de originele serie af. Wanneer een meteoor op het punt staat de aarde te naderen, ontmoeten Summer Adams, Cole en Bruno elkaar en werken ze samen om de invasie van Onimaro te stoppen met de kracht van een nieuwe Yo-kai Watch en Yo-kai die kunnen wisselen tussen Lightside en Shadowside. . De film zelf dient als proloog op de anime Yo-kai Watch Shadowside, die een paar maanden na het debuut van de film in Japan in première ging.