Thor: End of Days draait om Thors voortdurende conflict met Loki en Loki's onverzadigbare honger naar macht. Wanneer Loki uit Asgard ontsnapt met de bedoeling de mensheid te veroveren, heeft alleen Thor, de God van de Donder, de kracht om hem tegen te houden en het Einde der Dagen te voorkomen.
De criminele monnik Chi Kung liet 18 bijzonder grote, sterke en moedige meisjes ontvoeren, die hij opleidde tot een elitestrijdmacht in het 'Sun Shang'-klooster, de geboorteplaats van de Shaolin-orde en de Kung Fu-vechtstijl. De groep van de Bronze Girls vocht harder en slimmer dan welke andere Kung Fu-meesters dan ook. Met hun hulp regeerde Chi Kung het land op brute en wrede wijze. Maar de dapperste en sterkste van de achttien, Pei Yu Feng, kwam in opstand tegen het terreurregime, vluchtte en organiseerde verzet met Mao, een jonge kungfu-meester. Maar voordat ze het land kunnen bevrijden, zijn zij en de andere Bronze Girls verwikkeld in gevechten en blootgesteld aan enorm gevaar.
Boy is een tiener in wiens stam het verboden is de grenzen van de dorre en verlaten vallei waar hij woont te overschrijden, een vallei die grenst aan een land dat veel rijker is aan vegetatie en fauna. Volgens hun geloof leeft daar ‘de God die doodt met zijn aanraking’, en doden de geesten met hun spreuken degenen die zich daar wagen. De dappere jongen, die niet bang is voor bijgeloof, besluit de grens over te steken om het mysterie van de dood van zijn stamgenoten te onderzoeken.