Elke honderd jaar keert de kwaadaardige tovenares Morgana terug om Fingalls talisman van Merlijn op te eisen, waarmee ze de wereld wil vernietigen. De afgelopen veertienhonderd jaar heeft ze gefaald... nu is ze van plan alles te overwinnen. De jonge Ben Clark verhuist met zijn ouders naar een nieuwe stad, waar hij bevriend raakt met zijn bejaarde goochelaar-buurman Milner. Ben heeft een natuurlijk talent voor magie en wil alles leren wat hij kan van deze oude man. Ben draagt hetzelfde litteken als de oorspronkelijke stafdrager 1400 jaar geleden. Zowel Morgana als Milner, die Merlijn blijkt te zijn, zien dit als een teken dat de strijd tussen goed en kwaad deze keer sterker en moeilijker zal zijn dan ooit. Ben moet zijn eigen keuze maken tussen goed en kwaad terwijl hij in een strijd wordt meegesleept en moet zijn eigen geest en magie gebruiken om te beslissen welk pad hij moet volgen en daarmee het lot van de wereld zoals wij die kennen.
Tijdens het bewind van koning Sejong in de 15e eeuw was de Joseon-dynastie de belichaming van de perfecte staat. Voor de Ming China, de aspirant-imperiale macht, vormde Joseon een obstakel voor territoriale expansie. Om zichzelf tegen oorlog te beschermen, ontwikkelt koning Sejong een geheim wapen om hun territorium te verdedigen en hun land en suprematie terug te nemen.
Op zijn sterfbed vertelt de oude Indiaanse strijder Windwalker zijn levensverhaal aan zijn kleinkinderen. Met rode oortjes luisteren ze naar hoe Windwalker de gelukkige beginperiode beschrijft. Windwalker is dan getrouwd met Tashina en zij schenkt hem twee zonen. Ongeluk begint hem te achtervolgen wanneer Tashina sterft en zijn jongste zoon wordt ontvoerd door Crow-strijders. Windwalkers leven staat vanaf dan in het teken van de pijnlijke zoektocht naar zijn oogappel.